ロンドンの会員制テニスクラブでコーチとして働きだした、元プロ選手のアイルランド人青年クリス。富豪の御曹司トムの知遇を得たクリスは、その妹クロエと付き合うように。そんな折、クリスの前に魅惑的な女性ノラが出現。トムの婚約者である彼女は、女優として成功するのを夢見る米国人だった。クロエと結婚したクリスの人生が上り調子になるのと対照的に、ノラとトムは別れてしまうが、クリスとノラは不倫をするようになる。

京都・舞鶴湾で行なわれたイージス艦体験航海に参加したコナンたち。航海中、突如近づく不審船に艦内は不穏な空気に包まれる。隊員たちの冷静な対処で体験参加者たちは演習だと信じたが、コナンだけはそれが現実の危機だったことに気付く。そんな中、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。灰原や阿笠博士、そして陸上の平次と協力して捜査に乗り出すコナン。やがてコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗りこんでいることを知る！

1994年6月27日夜、長野県松本市で何者かによって毒ガスがまかれ、多数の死傷者を出す大惨事が発生した。やがて、事件の第一通報者で被害者でもある一市民が殺人容疑で家宅捜査をうけ、マスコミによって瞬く間に犯人に仕立て上げられてしまう。1年後、地元の高校の放送部では事件の冤罪報道を検証するドキュメンタリー・ビデオを製作することになった。