南北戦争時代のアメリカ。北軍の士官として参軍したネイサン・オールグレン大尉は南軍やインディアンと戦いの中、無関係のインディアン部族を攻撃し、子供たちを撃ち、良心の呵責に悩まされ酒浸りになる。日本の実業家の大村はバグリー大佐を介し軍隊の教授職として雇いに来ていた。当時の日本は明治維新で近代国家建設のために急速な近代的軍備増強が必要だった。多額の報酬に魅せられたオールグレンは、僚友ガントとともに日本に渡り、軍隊訓練を指揮する。

１９４２年、ソロモン諸島。アメリカ軍は日本軍の駐留するガダルカナル島を、太平洋戦争の重要な拠点と見なしその占拠を図った。ウィット二等兵（ジム・カヴィーゼル）やウェルシュ曹長（ショーン・ペン）をはじめとするアメリカ陸軍Ｃ中隊の面々も作戦に参加、彼らを乗せた上陸用舟艇は美しい南洋の孤島に次々と上陸していく。だが一歩ジャングルの奥に足を踏み入れると、そこは紛うことなき戦場であった……。

2001年9月11日午前8時42分にニュージャージー州ニューアークからサンフランシスコに向けて飛び立ったユナイテッド93便。テロリストに占拠された直後、乗客たちは家族との電話から彼らが今置かれている状況を知る。自分たちもどこかのターゲットに向かっていることを･･･ 愛する者に最期のメッセージを残して彼らは行動を開始した――。

1965年、ベトナム戦争時代。極秘爆撃任務を負った米空軍兵士のディーターはラオスに墜落し捕虜となる。ベトナム奥地の捕虜収容所に連行されると、そこには何年も捕虜になっている仲間がいた。密林に囲まれた収容所からの脱走は誰もが不可能と思っていたが…。