오랫동안 정치적 망명을 떠났던 과학자 제트가 고국으로 돌아온다. 1963년 5월, 그는 핵 실험을 반대하는 연설을 하던 도중 원인 모를 습격을 받아 중태에 빠졌다. 정부에서는 그 사건의 진실을 묻어두기 위해 판결을 조작한다. 그러나 제트의 희생이 정부 관료들에 의해 꾸며진 음모라는 것이 밝혀지고, 이 사건을 묵인하려 했던 정부 관료들은 실형을 선고받는다. 하지만 1967년 쿠데타가 발생하고, 이들은 군사 정권에 의해 다시 복권되는데...

1963년 12월 22일 텍사스에서 케네디 저격사건이 일어난다. 범인으로 체포된 오스왈드는 계속 저격 사실을 부인하다가 경찰에 호송되던 중에 암살당한다. 이후 사건의 수사를 위해 진상조사 위원회가 열리고 오스왈드의 단독범행으로 결론이 내려진다. 그러나 수사방법에 의문을 제시한 많은 사람들 중의 한 명인 지방검사 짐 개리슨(케빈 코스트너)은 각고의 노력을 거듭해 많은 증거를 확보하는데...

고도의 훈련을 받은 최고의 암살요원 제이슨 본. 사고로 잃었던 기억을 단편적으로 되살리던 제이슨 본은 자신을 암살자로 만든 이들을 찾던 중 블랙브라이어라는 존재를 알게 된다. 블랙브라이어는 비밀요원을 양성해내던 트레드스톤이 국방부 산하의 극비조직으로 재편되면서 더욱 막강한 파워를 가지게 된 비밀기관. 그들에게 자신들의 비밀병기 1호이자 진실을 알고 있는 유일한 인물인 제이슨 본은 반드시 제거해야 하는 대상이다. 블랙브라이어의 실체를 알게 된 제이슨 본은 전 세계를 실시간 통제하며 자신을 제거하고 비밀을 은폐하려는 조직과 숨막히는 대결을 시작하는데...

동유럽 첩보원들의 비밀 명단을 훔쳐 무기상에 팔아 넘기려는 음모를 막기 위해 짐 펠프스가 이끄는 CIA 최고의 팀 미션 임파서블이 투입된다. 그러나 대사관 파티에 잠입하여 동료들과 함께 작전을 수행하던 중 팀의 리더였던 이단 헌트만이 구사일생으로 혼자 살아 남는다. 곧 이어 본부에 연락을 취한 헌트는 이번 작전이 CIA 내에 침투한 이중간첩의 체포작전이라는 것과 자신이 범인으로 지목된 것을 알고 재빨리 피신한다. 그는 자신을 함정에 빠뜨리고 동료들을 살해한 진짜 범인을 찾기 위해 나선다. 마침내 그는 컴퓨터의 접속암호를 풀어 무기 밀매상인 맥스와 연락을 취하는데...

때는 1991년, 은퇴를 준비하고 있는 CIA의 베테랑 요원 나단 뮈어는 자신의 부하였던 젊은 요원 톰 비숍이 중국에서 스파이 혐의로 체포되었다는 소식을 듣는다. 비숍은 24시간 후 사형에 처해질 예정이지만 CIA 수뇌부는 국제관계 악화를 우려해 쉽게 결단을 내리지 못한다. 뮈어는 자신이 알고 있는 모든 지혜와 실력을 동원하여 비숍을 구출하기로 결심한다. 베트남 전선에서 저격수로 활약했던 비숍을 스카웃해 그에게 모든 것을 가르쳤던 뮈어의 머릿 속에서 그들의 과거가 빠르게 스쳐 지나간다. 함께 사선을 넘나들며 쌓은 우정과 베를린에서 베이루트까지 종횡무진했던 위험한 스파이 활동, 그들의 우정을 흔들리게 만든 한 여인까지.

갑자기 전 세계의 뛰어난 외모와 운동신경을 가진 여자아이들이 전염병처럼 사라져 간다. CIA는 이 사건을 수사하지만 곧 미궁에 빠지고 만다. 이 납치의 배후에는 여자아이들을 전문 암살범으로 훈련시키려는 마담 M이 숨어 있다. 그로부터 6년 후... 위치 추적이 불가능한 감옥 같은 곳에서 철저한 감시 속에 체력 훈련과 테러교육을 받아오던 아이들은 가장 강한 자만이 살아 남을 수 있는 프로그램에 투여되고 살아남기 위해 친구마저 죽음으로 몰아야하는 살인 병기로 키워진다. 프로그램에 살아남은 아이들은 마지막 시험 무대에 오른다. 사방이 가로막힌 철창 속에서 벌이는 죽음의 서바이벌 게임. 결국, 샬린(매기 큐), 캣(안아), 질(이행지)만이 살아남아 세계 최고의 암살자가 된다. 그리고 이들은 스페인과 필리핀, 홍콩 등지에서 각종 테러에 투입되고 마지막으로 홍콩에서 한 남자를 살인하라는 임무를 맡고 작전에 투입된다. 그러나 샬린은 그곳에서 오래 전 헤어진 엄마를 만나면서 충격을 받고, 이로 인해 CIA요원 잭(오언조)과 마주친다. 잭은 샬린의 과거를 되찾아 주고, 마담M을 제거하겠다고 약속하는데...

IMF 최고의 베테랑 특수 요원으로서 항상 긴장감 속에 경계를 늦추지 않던 이단 헌트. 이제 현장에서 한 발 물러나 특수 요원 트레이닝에 전념하며 삶의 여유를 찾고, 사랑하는 여인 줄리아와 행복한 결혼을 꿈꾼다. 하지만 그녀와의 약혼식 날, 급작스런 본부의 호출을 받은 이단 헌트에게 악명 높은 국제 암거래상 오웬 데비언에게 인질로 잡혀있는 IMF 요원을 구출하라는 명령이 떨어진다. 약혼녀에게 차마 사실을 알리지 못한 채 작전에 임하는 이단 헌트는 요원을 구출하는 데에 극적으로 성공하지만 그녀는 결국 목숨을 잃고 마는데...

도미니카는 병든 어머니를 책임져야 하는 가장이자 동료의 시기심으로 다리를 다친 비운의 발레리나다. 그는 러시아 정보국 간부인 삼촌의 계략에 빠져 어쩔 수 없이 스파이가 되는 길을 택한다. 탁월한 신체적 조건을 가진 이들에게 심리 조작술을 가르쳐 정보원으로 양성하는 스패로 스쿨. 한계를 뛰어넘는 훈련과정을 통해 레드 스패로 사상 가장 치명적인 스파이로 새롭게 태어난 도미니카는 이후 미국과 러시아의 이중첩자를 가려내기 위해 CIA 요원 나다니엘에게 도미니카가 접근하는데...

CIA요원에서부터 파키스탄 이민노동까지 각기 다른 네 명의 이야기를 통해 석유이권을 둘러싼 정치적 음모와 배신, 권력의 부패를 파헤치는 음모 스릴러

1961년 4월 쿠바 반 혁명군 침공작전에 실패한 미국 정부는 CIA 내부 첩자로 인해 정보가 유출되었음을 알게 된다. 정치적으로 큰 타격을 받은 대통령의 지시에 의해 CIA는 내부 첩자를 비밀리에 조사하기 시작한다. 그러던 중 CIA 초창기부터 첩보 업무를 담당한 베테랑 요원 에드워드 윌슨(맷 데이먼)에게 익명의 녹음 테잎과 흑백사진이 도착한다. 첩자를 알아낼 수 있는 유일한 단서인 이 증거물의 정체를 하나씩 밝혀나가면서 윌슨은 자신의 CIA 활동을 거슬러 올라간다. 1939년. 명문가 출신의 예일대 학생 에드워드 윌슨(맷 데이먼)은 비밀 서클인 Skull and Bones에 가입하면서 첩보세계에 발을 들여놓는다. 그의 명석하고 냉철한 두뇌, 무엇보다 국가에 대한 흔들리지 않는 믿음은 미 정부 비밀요원이 되기에 최적의 요소였던 것. 윌슨은 이 단체에서 만난 클로버(안젤리나 졸리)와 하룻밤을 보내고 그녀가 임신하자 책임감으로 결혼에 이른다. 결혼식 직후 윌슨은 국가의 첩보요원으로 유럽으로 발령, 그곳에서 영국 첩보원들과 교류하며 점차 CIA 요원으로 자리를 잡아간다. 그러나, 그가 최고의 요원이 될수록 그는 주변의 모든 사람들, 가족조차도 불신하게 되고 이것은 결국 크나큰 희생을 불러오게 되는데…

악몽과 비극적 상처를 가슴에 안고 유령처럼 숨어서 사는 엘 마리아치. 부패하고 타락한 CIA 요원 샌즈는 멕시코 대통령을 암살하고 쿠데타를 일으키려는 음모를 저지하기 위하여 엘 마리아치를 끌어들인다. 그러나 그가 샌즈의 요청에 응한 건 대통령을 구하려는 정치적인 목적 때문만은 아니다. 암살 음모를 주도하는 마약 무기 밀매 조직의 두목 바리요의 행동대장 격으로 고용된 마르케즈 장군과의 끝없는 악연이 그로 하여금 다시 총을 잡게 한 것. 한편 멕시코의 특수요원 아헤드레즈는 샌즈를 비롯한 외부 세력들이 멕시코 안에서 벌이고 있는 첩보 활동에 협력자로 가세하는데.....

오스틴 파워(Austin Powers/Fat Bastard: 마이크 메이어스 분)는 호시탐탐 지구의 평화를 위협하는 인류의 적 닥터 이블을 물리치기 위해 종횡무진 활약하는 영국의 비밀요원. 1967년에 그는 냉동로켓을 타고 우주로 사라진 닥터 이블을 잡기 위해 냉동인간이 되어 30년을 기다린 끝인 1999년, 오스틴 파워는 닥터 이블(Dr. Evil: 마이크 메이어스 분)에게 긴 잠을 선사하고 행복한 결혼에 골인하여 눈부시게 멋진 아내 바네사 켄싱턴(Vanessa: 엘리자베스 헐리 분)과 신혼의 단꿈에 젖어있었으나, 바네사는 닥터 이블이 보낸 사이보그였다. 냉동로켓을 타고 다시 지구로 돌아온 닥터 이블은 지구파괴 음모에 방해가 되는 오스틴을 제거할 새로운 계획에 착수한다. 1969년으로 돌아가 냉동된 채로 있는 오스틴에게서 힘의 원천인 모조(Mojo)를 훔쳐내면, 지구정복은 식은 죽 먹기인 것이다. 1969년으로 시간 이동한 닥터 이블은 냉동인간 오스틴 파워에게서 모조를 훔쳐내는데 성공한다. 한편 바네사를 잃긴 했지만, 되찾은 싱글의 자유로움을 즐기느라 여념이 없는 오스틴에게 그야말로 청천벽력과 같은 일이 벌어진 것이다. 곧장 1969년으로 향한 것은 당연. 오스틴은 그곳에서 아름답고 섹시한 CIA 요원과 만나지만, 힘의 원천을 잃어버린 그에게 색웰(Felicity Shagwell: 헤더 그레이엄 분)의 접근은 오히려 부담이다. 한편, 닥터 이블은 달기지에 레이저 빔을 설치하고 또 다시 지구정복 음모를 꿈꾼다. 달의 요새로 향한 이블을 쫓아 우여곡절 끝에 달에 도착한 오스틴은 가까스로 이블을 제거할 기회를 얻지만, 승리의 순간을 눈앞에 두고 선택의 기로에 놓이게 된다. 색웰을 인질로 지구와의 선택을 요구하는 이블. 내키지는 않지만, 오스틴은 지구를 구하기 위해 색웰을 포기한다. 지구는 위험에서 벗어나고, 드디어 이블의 종말을 보게 되나 싶었는데. 최후의 순간, 그는 색웰을 살릴 수 있는 조건을 제안한다.

러시아 생물공학자 네코비치 박사는 비행기 내에서 이단 헌트로 변장한 앰브로즈에게 벨레로폰을 탈취당한 후 살해된다. IMF 요원 이단 헌트는 네코비치 박사가 테러리스트 앰브로즈에게 탈취당한 것이 무엇인지 알아내기 위해 파견된다. 키메라라는 것이 인플루엔자를 없애기 위한 완벽한 치료제인 벨레로폰을 유전적으로 조합하다 부수적으로 만들어진 악성 바이러스라는 사실을 알아낸 헌트는 임무를 위해 앰브로즈의 전 애인 니아 홀을 포섭한다. 헌트는 니아와 사랑에 빠지지만 키메라 바이러스를 파괴하기 위해 니아를 앰브로즈에게 보내는데...

모로코에서 미 CIA 요원이 마약 밀매에 관련되어 체포된다. 그러자 국회 상원의 특별위에서는 CIA 국장 로스(Ross: 찰스 듀닝 분)에게 이에 관해 해명할 것을 요구한다. 한편, CIA 국장 자리를 노리던 쿠퍼(Cooper: 다브니 콜만 분)는 기회를 놓칠세라 사방에 도청장치를 해놓고 로스의 일거일동을 감시한다. 그러나 맹한 쿠퍼보다 한발 앞선 로스는 이를 역 이용할 계략을 짠다. 이에 따라 로스의 부하 브라운은 공항에 나가 좀 모자라 보이는 리차드에게 다가가 쓸데없는 헛소리만 잔뜩 늘어놓고 줄행랑을 친다. 한편, 바이올리니스트로서 연주 여행을 다녀오던 리차드(Richard: 톰 행크스 분)는 짖꿎은 친구의 장난으로 구두 한짝을 잃어버리곤 한쪽에 구두, 한쪽에 빨간 운동화를 신고 셔츠 자락을 휘날리며 트랙을 내려오던 중이었던 것이다. 리차드가 미끼라는 사실을 까맣게 모르는 쿠퍼는 자신의 정보팀 요원들을 리차드에게 붙여놓고 끈질기에 괴롭힌다. 순진한 리차드는 아무것도 모르는 채 자신에게 접근해온 쿠퍼의 부하이자 미녀 스파이 매디(Maddy: 로리 싱어 분)와 그만 찐한 사랑을 하게 되는데.

스케이트 보드 타기를 가장 좋아하고, 여자 앞에서 한마디도 제대로 못하는 평범한 학생 '코디 뱅크'. 하지만 그에겐 가족 조차 모르는 비밀이 있다. 최고 기밀 기관에서 특수임무수행 능력을 훈련 받은 비밀 요원이라는 것. 코디는 모든 남학생들의 선망의 대상인 '나탈리 코너'의 남자친구가 되어 거대한 야욕을 품고 '나노보트' 함대를 개발하고 있는 과학자인 그녀의 아버지를 감시하라는 임무를 부여 받게 된다. 나탈리의 마음을 사로잡고 세계 평화를 지키기 위한 신세대 스파이 코디 뱅크의 대활약이 시작되는데...