4月から月光館学園に転校してきた高校2年生の理（まこと）は、ある夜1日と1日の狭間にある“影時間”に陥ってしまう。時間が止まったように静止する街の中で、理は異形の怪物、“シャドウ”に襲われ、思わず自らの中から同じような異形の存在を出現させる。その存在は“ペルソナ”といい、シャドウに対抗する唯一の手段だった。やがて彼は、部活に偽装した同高校のペルソナ能力者組織“特別課外活動部”に招かれることになる。
劇場版 ペルソナ3 シリーズ
Description
無意識下の精神や強いトラウマが異形の姿を持って具現化する特殊能力“ペルソナ”。少年少女たちがこの能力を使って同じく異形の敵たちと戦っていく人気ゲームソフト「ペルソナ」シリーズから、「ペルソナ3」のゲームストーリーを連作アニメ映画化。1日と1日の間に存在する、普通の人間には感知できない“影時間”と、影時間に出現する怪物“シャドウ”。これらに対抗できる唯一の手段、ペルソナを使える高校生たちが集まった特別課外活動部を舞台に、転校生の主人公・理（まこと）の活躍と成長が描かれていく。
ペルソナ能力者たちの対シャドウ組織・特別課外活動部の一員となった理。最初は請われるままに参加しただけだった理だが、影時間の謎を追い、シャドウと死闘を重ねる中で、少しずつ仲間たちとの絆を結んでいく。なぜか理のそばにいることも任務だという美少女戦闘ロボットのアイギスら新たな仲間も加わり、かつてない充実した日々を過ごす理。その一方、彼はシャドウに勝利し、この時間が終わることに名残惜しさを抱き始めていた。
理たち特別課外活動部はついに最後の大型シャドウを撃破する。情報によると、これで影時間も、そこに立つタルタロスの塔も消滅するはずだった。だが、戦いの終結に安堵する面々の期待をよそに、再び影時間は訪れる。困惑する一同がタルタロスに駆けつけると、そこには幾月理事長とアイギスがいた。明かされる衝撃の事実と訪れる悲劇、戦う理由を見失う仲間たち。その翌週、ふさぎ込む理の前に、謎めいた転校生・望月が現われる。
12体のシャドウをすべて倒し、戦いに決着を付けたはずの理たち特別課外活動部。だが彼らの前に現われた転校生、綾時の正体が、実は滅びの宣告者である13体目のシャドウ“デス”であると判明する。これまでの戦いはデスを目覚めさせるためのものに過ぎなかったのかと絶望する理たち。そんな彼らに、綾時は戦いの記憶を消して穏やかに最後の時を迎えるか、すべてを知ったまま滅ぶかという選択肢を与える。