目の療養で休職中だった瀬文（加瀬亮）が未詳に戻ると、そこには係長待遇に降格した野々村（竜雷太）に代わり、“ミショウ”の係長に任命された市柳（でんでん）と組織犯罪対策部から異動になった吉川（北村一輝）の姿が。その数日後、奇妙な殺人事件が起きたとの連絡が未詳に入る。白昼の街中でマシンガンによる殺人事件が起き、ただ一人生存した女子高生は、「犯人は全身黒づくめで、瞬間移動して逃げた」と証言している。撃ち合っていたらしき当事者の写真の中には、サトリ（真野恵里菜）の死体があった。当麻（戸田恵梨香）は、“スペックホルダー”の奪い合いの抗争が、街中で白昼堂々と行われたと分析。早速、その生存者・久遠望（谷村美月）が入院する警察病院へ向かう。望は、事件当日のことをポツリポツリと語り始める。心の奥底に本音を隠し続けている当麻。その心の迷宮を知り、本来の当麻に戻そうとする瀬文。この事件を通じて、当麻と瀬文、二人の新たな絆が結ばれようとしていた…。
SPEC劇場版
Description
映画第1作『劇場版 SPEC〜天〜』は、2012年4月7日より東宝系にて日本公開。『SPEC』、『SPEC〜翔〜』に続く物語。死んだはずのニノマエが組織を率いて反SPEC勢力の御前会議が計画するSPECホルダー抹殺計画・シンプルプランに対抗し、ミイラ死体殺人事件を皮切りとしたテロ活動を開始する。謎の予言「ファティマ第三の予言」の存在が描かれ、公安零課ほか国家レベルの指示のもと、未詳は瀬文の元恋人・青池里子（演：栗山千明）と協力して制圧に向かうが当麻のSPECは意志に反して復活する。対立を経て瀬文と絆を確かめ合う当麻はニノマエがクローンであることを見抜いて倒し、その戦いを眺める謎の青年・セカイ（演：向井理）が登場する。 映画第2作『劇場版 SPEC〜結〜』は、『漸ノ篇』（ぜんのへん）・『爻ノ篇』（こうのへん）の2部作で2013年11月1日・11月29日に連続公開された[24][25]。当初は1部作の予定であったが、物語のスケールが1作に収まりきらなかったということで前後篇に分かれた。「シンプルプラン」によるSPECホルダー抹殺計画の真実と、前作で登場した少女・青池潤（演：森山樹、大島優子）と謎の青年・セカイの正体が明らかにされ、人類の存亡を賭けてそのSPECを開放する当麻の戦いおよび、野々村や瀬文との関係の結末が描かれる。
通常の捜査では解決できない特殊な事件を専門に扱う部署「警視庁公安部公安第五課未詳事件特別対策係」通称“未詳(ミショウ)”。特別捜査官の当麻紗綾（戸田恵梨香）と瀬文焚流（加瀬亮）の元に「ミイラ死体殺人事件」のニュースがもたらされる。これはスペックホルダーによる犯行なのか？事件はやがて国家をも揺るがす大事件となっていく。シンプルプランとは？ファティマ第3の予言とは？その時、当麻の左手に激痛が走る！
両親（佐野元春、石田えり）と弟を飛行機事故で無くした女子高生・当麻紗綾（戸田恵梨香）のもとに、警視庁捜査一課の近藤（徳井優）という刑事がやってきた。「あなたの家族はスペックを持つ者たちに殺された可能性が高い」。当麻はこのときはじめて「スペック」ということばを聞くのだった。その数年後、刑事の道を選んだ当麻は、公安部公安第五課未詳事件特別対策係へ配属され、係長の野々村（竜雷太）に出迎えられる。同じ頃、SITでずば抜けた身体能力を誇る瀬文（加瀬亮）は、銃撃戦で被弾した入山隊長（高嶋政伸）に代わり指揮を執ることに。仕事ぶりを認められた瀬文は、捜査一課特殊犯捜査係、SIT丙隊の隊長を任命される。そんな中、地居（城田優）は両親を殺したのは当麻だという偽りの記憶をニノマエに刷り込む。この日からニノマエは当麻を親の仇と恨み、命を賭けた戦いへと向かうことになるのだった…。
反SPEC主義者の有力者たちによる国際会議上で、SPECホルダーを全滅させる陰謀《シンプルプラン》が実行に移されようとしていた。だが日本代表者《卑弥呼》は計画の中止を訴え、反対する出席者をSPECによって消し去ってしまう。一方、上司の野々村が単独でシンプルプランの阻止に動いていた事実を知った当麻は、封印する自らのSPECを使おうとする一方でその暴走におびえ、SPECに頼る自分の矛盾に苦悩する。
戦いの中で親しい人を亡くし、自らもシンプルプランのウイルスに感染した当麻。そんな中、彼女は亡き父の親友と言って現われた湯田（とうだ）の名が実は「ゆだ」＝Judahであり、一連の事件を操る謎の人物、プロフェッサーJだと気付く。一方、その湯田は保護されていたSPECホルダーの大人を惨殺し、子どもたちにはウイルスを感染させていた。残酷なやり口に激怒した当麻はついに封印を解き、自らのSPECを発現させる。