Strani avvenimenti accadono al largo delle coste del Giappone: alcune navi esplodono e affondano senza apparente motivo. L’epicentro del fenomeno sembra essere nell’isola di Odo. Una notte, qualcosa emerge dall’acqua e semina morte e terrore sull’isola. Una spedizione scopre il responsabile di tutto questo: Godzilla, un gigantesco essere preistorico, che comincia a distruggere alla luce del sole, puntando direttamente al cuore del Giappone.

Godzilla incombe sul Giappone e nessun'arma può fermarlo. Intanto una giovane giornalista viene a sapere da un vecchio dell'imminente resurrezione dei tre mostri guardiani che proteggeranno l'umanità dal male. Quando Godzilla sbarca viene in principio aggredito da Baragon, che viene però sconfitto dal rettile gigante. In seguito dovrà vedersela con Mothra che verrà comunque battuta. È il turno di Ghidorah, l'unico che sembra poter eliminare Godzilla, che grazie al potere degli spiriti dei suoi due compagni morti riesce ad avere ragione di lui, anche se dopo un durissimo combattimento Godzilla riesce a sconfiggerlo. Però un anziano comandante di marina vuole ucciderlo per vendicarsi della morte dei suoi genitori provocata dal mostro durante il raid avvenuto nel '54...

Nicholas Garrigan è un medico scozzese neolaureato che sogna l'avventura umanitaria. La trova in Uganda dove si reca ad esercitare la sua professione. Viene immediatamente colpito dalla moglie del medico responsabile dell'ospedale ma ben presto una più forte calamita lo attrae a sé: si tratta di Idi Amin Dada, il trascinatore di folle che ha appena sconfitto l'avversario Milton Obote e rimarrà Presidente del Paese dal 1971 al 1979. Nicholas diverrà suo medico personale e poi suo principale consigliere scoprendo progressivamente che dietro alla facciata di brillante bonomia si cela un uomo crudele.

1992: pochi mesi dopo lo scontro tra Mothra, Godzilla e Battra, un grande uovo viene rinvenuto su un'isola. Il dottor Kazuma Aoki (inventore di una nave volante anti-Godzilla chiamata Garuda) e la dottoressa Azusa Gojo analizzano l'uovo ma il gigantesco pteranodonte Rodan attacca il campo base per proteggere il fratello non ancora nato. Poco dopo lo stesso Godzilla emerge dall'acqua ed elimina apparentemente Rodan...

Dopo l'apparente sconfitta di Godzilla, il governo giapponese vuole usare alcune ossa di Godzilla per ricostruire il robot Mecha-Godzilla, al fine di usarlo come arma di difesa per il Giappone. Mothra tuttavia si dimostra subito contrariata all'esperimento e minaccia di attaccare l'umanità se ciò dovesse avvenire. Nonostante l'accordo tra i giapponesi e Mothra fosse chiaro, il governo si dirige verso il luogo dove Godzilla era precipitato per prelevarne le ossa. Con grande sorpresa di tutti il dinosauro mutante è ancora vivo e immediatamente distrugge i laboratori dirigendosi verso Tokyo con un solo obiettivo: distruzione totale. Mothra lo affronta ma Godzilla la sconfigge con il suo potentissimo raggio radioattivo. I giapponesi allora ricostruiscono in fretta e furia Mecha-Godzilla e lo scagliano al fianco della farfalla gigante contro Godzilla...

Negli anni '70, in Antartide, Godzilla viene fatto cadere dentro un pozzo di ghiaccio da un sottomarino volante col muso a trivella, il Gotengo (già visto in Atragon, film di Ishiro Honda del 1963). A causa di ciò, Godzilla finisce in ibernazione. Nel 2004 l'umanità vive un periodo pacifico: grazie all'attività dell'EDF (Earth Defence Force), munito di armi supertecnologiche come un'intera flotta di Gotengo e di soldati dotati di superpoteri, i mostri che assalivano il mondo da tempo hanno smesso di essere un problema. L'ultimo ad essere distrutto dal Gotengo è il serpente marino Manda (anch'esso visto in Atragon), annientato con il cannone Zero Assoluto. Improvvisamente, in superficie, avviene un simultaneo attacco di tutti i mostri conosciuti, eccetto Godzilla...

Ad Okinawa circola una profezia: un giorno arriverà un immenso mostro che rischierà di distruggere la Terra, ma sarà fermato dall'intervento di altri due mostri. La profezia sembra avverarsi quando Godzilla senza motivo attacca il Giappone, arrivando anche a ferire gravemente Angilas, suo compagno in tante battaglie. Nessuno sa spiegarsi tale cambiamento, finché non compare un secondo Godzilla, che attacca il primo smascherandolo: si tratta di Mechagodzilla, gigantesco automa che riproduce le fattezze del Godzilla originale, ed è stato costruito da una civiltà aliena per conquistare la Terra.

L'impresario Kumayama esibisce alla curiosità della gente un gigantesco uovo rivenuto da alcuni pescatori sulla spiaggia di un'isola dopo una violenta tempesta. Egli non sa che l'uovo è sacro per gli abitanti della favolosa Infant Island, esseri di piccolissime dimensioni che venerano la dea falena Mothra e che guardano con ostilità gli uomini, colpevoli, tra l'altro, di inquinare l'ambiente con gli esperimenti atomici. Quando le Sobijin, due fate gemelle, vengono da Infant Island a reclamare l'uovo, Kumayama pensa di aggiungere anche loro alla sua attrazione e tenta di catturarle. Riuscite a fuggire e trovato rifugio in una foresta, diventano amiche di due giornalisti e di uno scienziato "buono" che stanno organizzando un servizio fotografico. Gli uomini promettono di aiutare le due piccole straniere, ma quando stanno per tornare in città scorgono l'immensa mole di Godzilla: il mostro atomico...

Mentre gli scienziati indagano per conto del governo su un meteorite caduto nel mare milioni di anni fa, il "Godzilla Prediction Network (GPN)" è sulla costa in cerca di Godzilla allo scopo di studiarne il comportamento e prevenirne le mosse. Il mostro anticipa qualsiasi previsione emergendo dal mare e scatenandosi come una furia. Il metorite è in realtà un'astronave extraterrestre precipitata in tempi immemorabili e involontariamente riportata in piena efficienza dalle attenzioni degli scienziati e dall'alito atomico di Godzilla. Gli alieni "risvegliati" pensano che una sconfitta del colossale animale aprirebbe loro le porte della Terra e perciò, gli si scatenano contro assumendo le sembianze dell'imbattibile mostro Oruga ...

L'impatto di un meteorite nell'oceano Pacifico, oltre a provocare varie catastrofi a livello climatico, risveglia Godzilla addormentato nel fondo del Pacifico. Un mese dopo ci viene presentato l'archeologo Takuya Fujito, molto simile ad Indiana Jones, che viene arrestato dalle autorità Thailandesi per aver depredato e distrutto un tempio nascosto nella giungla. L'uomo riceve la visita di Dobashi, della Security Agency, di Ando, vicepresidente della Marutomo Enterprise, società distruttiva nei confronti dell'ambiente, e della sua ex moglie Masako. L'uomo viene liberato a patto che indaghi su un'anomalia presente su Infant Island, isola di proprietà della Marutomo. Takuya, Masako ed Ando si recano sull'isola e, dopo una serie di peripezie, scoprono che l'intruso non era altro che un monumentale uovo. Essi vengono poi a sapere da due piccole fate che si tratta dell'uovo di Mothra, la divinità dell'antica civiltà Cosmos...

Un organismo alieno giunge sulla Terra portato da un meteorite. Questo organismo si alimenta con le sostanze degli scarichi industriali, e visto che il Giappone è ricco di industrie, rapidamente l'alieno, chiamato Hedorah, cresce e diventa una sorta di gigantesca ameba tossica che comincia a far strage di esseri umani mediante getti di acido capaci di corrodere una persona fino all'osso. Tra i primi ad accorgersi del pericolo c'è il dottor Yano, rimasto sfigurato da un incontro con la creatura durante un'immersione. Mentre Hedora acquista anche la capacità di volare (durante il volo rilascia gas tossici), gli umani invocano l'intervento di Godzilla. Ma neppure lui sembra essere in grado di battere Hedora...

Mentre alcuni scienziati tentano di controllare telepaticamente Godzilla, una stazione della NASA viene attaccata da una strana creatura, molto simile a Godzilla. Il Giappone manda contro questa minaccia il robot Moguera che viene sconfitto facilmente. La creatura atterra su un'isola dove rapisce il piccolo Godzillosauro. Godzilla si lancia alla ricerca del mostro per salvare il piccolo.

Godzilla viene risvegliato da un'eruzione vulcanica al largo del Giappone e si dirige alla volta della centrale nucleare di Ihama. Nulla appare in grado di fermarlo....

A seventeen-year-old girl is the sole survivor of a plane crash in the Amazon.

Nella città di Tokyo un'arma satellitare apre un varco temporale dal presente al passato, attraverso il quale arriva un uovo argentato dal quale nasce una libellula gigante (identica alle larve del film Rodan) che arriva nella città e deposita un agglomerato di uova da cui nascono centinaia di insetti giganti. Alcuni di essi prelevano del sangue di Godzilla, nel frattempo giunto in città. Dopo un primo duello con Godzilla gli insetti si uniscono insieme al D.N.A di Godzilla facendo nascere Megagurius, un insetto gigante che ricorda molto la sorella di Mothra, Battra, anche se più spaventosa. Nel duello finale Godzilla sconfiggerà Megaguirus con un potentissimo raggio atomico salvando la città.

In un villaggio inglese, un giornalista e un meccanico ascoltano un acchiappatopi che spiega il suo piano intelligente per superare in astuzia la sua preda.

Due orribili mostri stanno distruggendo Tokyo e Godzilla, accorso come sempre per difendere la Terra, si trova in difficoltà. In realtà, sotto sembianze umane, gli abitanti della Nebulosa M, non potendo più vivere sui loro pianeti contaminati, hanno deciso di impradonirsi del nostro pianeta. Ecco allora che Godzilla, Gigan, Anguirus, il tricefalo volante spaziale King Ghidorah, Mothra, Rodan, il gigantesco ragno Kumonga, Kamacuras, Minilla, il figlio di Godzilla, e Gorosaurus tornano a combattere per la salvezza del genere umano mentre le forze armate giapponesi si dimostrano, ancora una volta, prive di efficacia nelle azioni difensive.

Una squadra di basket completa di giocatori, riserve, allenatori e cheerleaders fa ritorno col proprio autobus dal Campionato studentesco. Dopo un incidente apparentemente casuale, che li costringe ad una sosta forzata, vengono attaccati da un'orribile creatura alata che uccide gli adulti del gruppo. Si tratta di un antico demone che ogni 23 anni, per 23 giorni, risorge dal suo letargo per nutrirsi. Siamo al 22esimo giorno e the Creeper si prepara per l’ultimo banchetto. Il demone terrà il gruppo sotto scacco, decimandolo, fino a quando Jack Taggart, un contadino del luogo, al quale l’essere ha sottratto il figlioletto più piccolo, non interverrà per salvare i giovani e vendicarsi.

Gabriel Yulaw vive in un futuro in cui si è coscienti della struttura dell'universo, in realtà un "multiverso" composto da ben 124 dimensioni parallele, tra le quali è possibile muoversi solo sotto il controllo di uno speciale corpo di polizia. Ogni essere vivente ha un doppio in ognuna di queste dimensioni e ogni volta che uno di essi muore, la sua energia confluisce nei corpi degli altri. Yulaw vuole acquistare poteri quasi illimitati e per questo uccide tutti i suoi doppi, ma l'ultima copia di sé ancora in vita si rivela quasi invincibile. Effetti speciali che ricordano Matrix e incredibili combattimenti a colpi di Kung Fu per un film sicuramente spettacolare.

In un paesino sperduto dell'America più profonda un uomo (Nicolas Cage) buca tutte le ruote della sua rombante Camaro ed è costretto a diventare il custode del Willy's Wonderland, un locale dismesso e fatiscente che un tempo era frequentato dalle famiglie del posto: a pulizia conclusa, la sua auto sarà rimessa a nuovo. Non immagina minimamente che la tavola calda è maledetta e che i suoi pupazzi meccanici custodiscono, tra i loro ingranaggi, le anime di una setta di serial killer satanisti che tempo addietro avevano seminato il panico nella zona. Per il nuovo custode del locale tutto questo si trasformerà in un truculento spargimento di sangue oltre che a uno spasso senza eguali…