더 크고 신나는 세상! "겁나먼" 왕국에서 펼쳐지는 끝없는 상상! 꿈결같은 허니문에서 돌아온 슈렉과 피오나. 이 행복한 녹색 커플은 "겁나먼" 왕국의 왕과 왕비인 피오나의 부모님으로부터 초청장을 받는다. 드디어 도착한 왕국에는 모든 시민들이 기대에 부풀어 그들을 기다리고 있는데... 덜리는 맘으로 슈렉이 모습을 드러내는 순간, 멋진 왕자를 기대했던 모든 이들은 기절초풍! 초록색이 되어버린 공주는 말할 것도 없이 말이다. 발칵 뒤집힌 "겁나먼" 왕국. 이제 이 충격적인 사건을 해결하기 위해 만만치 않은 강적들이 속속 등장한다. 업계 1위의 괴물 전문 킬러 '장화신은 고양이', 퍼펙트한 외모의 왕자 '프린스 챠밍', 신비한 힘을 가진 요정 대모까지. 성가신 건 질색인 슈렉에게 터져버린 대형 사고! 또 다시 의도하지 않은 사건에 휘말린 슈렉 패밀리 앞에 상상할 수 없는 예측 불허의 모험들이 펼쳐지는데...

일본에서 제작한 변신로봇장난감인 나이아크론은 미국에서도 크게 히트하게 되고, 변신로봇을 소재로 TV판 애니메이션이 제작되었다. 이후 극장판 영화로 제작하게 되고, 연출은 TV판 제작을 맡은 넬슨 신이 맡았다.

장난꾸러기 플라이와 여동생 스텔라는 외출한 부모님 대신 온 안나 숙모의 보호 아래 집을 지킨다. 몸이 근질근질한 플라이는 동생과 사촌 척을 데리고 숙모가 자는 틈을 타 탈출을 시도한다. 우연히 빠져들어간 동굴 속에는 괴짜 박사 맥크릴이 물고기다 되는 약을 만들어 실험을 하고 있다. 호기심 많은 철부지 동생 스텔라가 약을 마시고 불가사리로 변해버린다. 스텔라를 구하기 위해 날치가 된 플라이, 해파리가 된 척은 하루 안에 해독제를 찾아 인간으로 돌아와야 한다.

마침내 평온을 되찾은 ‘겁나먼 왕국’. 이제 자신들의 늪에 돌아가 둘만의 달콤한 생활을 꿈꾸던 슈렉과 피오나에게 엄청난 태클이 들어온다. 피오나의 아버지 해롤드 왕이 위독해져 슈렉과 피오나가 왕위를 계승해야 하는 상황이 벌어진 것. 해롤드 왕은 슈렉에게 왕위 계승 다음 서열인 피오나의 먼 친척 ‘아더 왕자’를 찾아오면 늪으로 돌아가도 좋다는 타협책을 내놓는다. 슈렉은 동키, 장화 신은 고양이와 함께 아더 왕자를 찾기 위한 머나먼 여정에 나서고…. 한편, 슈렉이 없는 틈을 ‘프린스 챠밍’은 동화속 악당을 모아 겁나먼 왕국을 차지하려는 음모를 꾸미고, 왕국에 남아있는 피오나 등 5공주(백설공주, 신데렐라, 잠자는 숲속의 공주, 라푼첼)와 릴리안 왕비는 힘을 합쳐 프린스 챠밍에 맞서는데…. ‘모두가 王이 되고자 하는 시대’에 ‘스스로 王을 포기하려는’ 슈렉. 자신이 원하는 삶을 누리는 ‘진정한 王’이 될 수 있을까?