Zunächst scheint es für den zehnjährigen Ben Tennyson ein ganz normaler Tag zu werden: Er verwandelt sich in einen Alien-Helden, bringt den Bösewicht zur Strecke und stellt in der Welt das Gleichgewicht von Gut und Böse wieder her. Doch als Ben aus Versehen den Countdown zur Explosion der Omnitrix aktiviert, verwandelt sich der ganz normale Tag in einen Wettlauf gegen die Zeit: In er gesamten Galaxis sucht er nach dem Erbauer der Omnitrix, bevor sie das gesamte Sonnensystem vollständig vernichtet!

Die frisch verheirateten Shrek und Prinzessin Fiona werden in Fionas Königreich "Weit weit weg" eingeladen, um die Hochzeit von Fionas Eltern segnen zu lassen - was Shrek für keine gute Idee hält, und er hat Recht damit: Die Eltern sind von der Verwandlung ihrer Tochter in eine Ogerin entsetzt, eine Gute Fee möchte ihren Sohn Prinz Charming mit Fiona verkuppeln und ein Killerkater wird damit beauftragt, Shrek beiseite zu schaffen.

Königspaar zu sein und ein Reich zu regieren macht keinen Spaß, zumindest den beiden Ogern Fiona und Shrek nicht. Ein Ersatz-Regent muss her. Shrek macht sich zusammen mit Esel und dem Gestiefelten Kater auf die Suche nach dem eigentlichen, aber lustlosen Thronfolger des Landes: Artus. Sobald der gefunden und überzeugt wurde können die beiden Oger zurück in den geliebten Sumpf und sich dort wieder der Ruhe und dem erwarteten Nachwuchs zuwenden. Unterwegs müssen die drei sich wieder durch allerhand Widrigkeiten kämpfen, aber auch Fiona die zu Hause die Stellung hält sieht sich mit Machtkämpfen und Intrigen konfrontiert: Prinz Charming will die Macht im Reich an sich reißen...