John McLoughlin ja Will Jimeno, kaksi New York Cityn satamaviranomaisen poliisia, jäivät raunioihin 11. syyskuuta 2001 World Trade Centerin kaksoistornien romahdettua. Lähes mahdottomissa olosuhteissa McLoughlin ja Jimeno taistelevat yhdessä henkiinjäämisestä...
Elokuva kertoo vuonna 1976 tapahtuneesta lentokonekaappauksesta, jossa palestiinalaisten vankien vapauttamista vaatineet kaappaajat pakottivat Tel Avivista Pariisiin matkanneen Air France -lentoyhtiön matkustajalentokoneen laskeutumaan Entebben lentokentälle Ugandaan. Tämä synnytti uhkarohkean pelastusoperaation, joka muistetaan edelleen. Operaatio Entebbe oli Israelin puolustusvoimien erikoisjoukkojen suorittama hyökkäys, joka tapahtui heinäkuun 3. ja 4. päivän välisenä yönä vuonna 1976. Israelilaiset lähettivät Entebbeen erikoisjoukkoja, joiden tehtävänä oli pelastaa 103 siviiliä, joita Ugandan sotilasdiktaattori Idi Aminin tukemat terroristit pitivät panttivankeina lentoaseman terminaalin sisätiloissa. Operaatio on Israelin puolustusvoimien historian maineikkaimpia, ja se oli myös yksi ensimmäisistä terrorismin vastaisista erikoisoperaatioista.
Kun kaikki muu pettää, heihin voi luottaa. He ovat yhtä kuin G.I. Joe, huippusalainen eliittijoukko, joka pitää sisällään parhaat agentit eri puolilta maailmaa. Kun salaperäinen ja pahantahtoinen Cobra-järjestö varastaa huipputeknisen, salaisen aseen, G.I. Joet käyvät kilpajuoksuun aikaa vastaan estääkseen Cobraa käyttämästä asetta ja suistamasta maailmaa kaaokseen.
Nuoren äidin elämä muuttuu radikaalisti, kun hänen miehensä ja poikansa kuolevat itsemurhaiskussa jalkapallo-ottelussa. Lohduttajina toimivat charmikas toimittaja Jasper sekä edesmenneen aviomiehen pomo Terrence.
Kenraali Frank Lewis johtaa kiisteltyä hyökkäystä filippiiniläisten kapinallisten leiriin vangitakseen heidän kanssaan piilottelevat terroristit. Helikopteripilotti Amy Jenningsin ja tämän miehistön jouduttua alasammutuksi, suunnitelma kokee vakavan takaiskun. Lewis valitsee pelastustehtävään parhaan miehensä, luutnantti Matt Danielsin. Daniels ryhmineen tunkeutuu syvälle vihollisen alueelle pelastaakseen kapteeni Jenningsin, joka on viety kuulusteltavaksi pernaruttolaboratorioon. Pystyykö pelastusryhmä löytämään Jenningsin ajoissa ja pystyväkö he tuhoamaan biologiset aseet ennen kuin ne ovat laukaisuvalmiita. Kun Eagle Onen etsintä päättyy, todellinen taistelu alkaa!