IMF je ukinut kada ga okrive za globalnu terorističku bombašku urotu. Pokrenut je „Protokol duh“, a Ethan Hunt i njegov odmetnuti novi tim moraju ući u ilegalu i bez ičije pomoći i kontakata očistiti ljagu s imena svoje organizacije.
Među stanovnicima siromašne četvrti u predgrađu britanskog grada Sheffielda su i četvorica muškaraca mlađe i srednje dobi, većinom muslimana koji o sebi maštaju kao o mučenicima i potencijalnim bombašima samoubojicama. Iako je riječ o tipičnim gubitnicima, četvorka predvođena mladim Omarom (R. Ahmed), odnedavno pripadnikom zaštitarske službe, oženjenim atraktivnom medicinskom sestrom Sofiom (P. Kalidas), žele postati veliki borci za islam kojima je životni cilj da poginu kao mučenici.
Havana početkom 90-ih. Kubanski pilot Rene Gonzalez otima avion i bježi s Kube, ostavljajući za sobom voljenu ženu i kćer. Novi život počinje u Miamiju. Njegov primjer slijede i drugi kubanski kriminalci koji stvaraju vlastitu obavještajnu mrežu. Njihova je misija infiltrirati se u nasilne organizacije koje su protiv Fidela Castra i koje su odgovorne za terorističke napade na otoku.