Ki ne hallott volna a négy mutáns teknősről, akik a csatornákban élnek, pizzát esznek, és nindzsaként harcolnak ellenfeleikkel? Michelangelo, Raffaelo, Leonardo és Donatello ugyanis nem akármilyen teknőcök. Egy véletlen baleset folytán a kis teknőcök emberi formává mutálódtak, csakúgy, mint titokzatos tanítómesterük, Szecska mester. New York városa egy titokzatos, szeszélyes, sötét hely, valamint a négy különös teknőc otthona. A teknőctestvérek arra szövetkeznek, hogy megvédjék New York városának lakóit a gonosz erőkkel szemben és ezért nehéz feladat vár rájuk.

New York földalatti csatornarendszerében misztikus dolgok történnek. Az ismeretlen varázserőnek köszönhetően óriásteknősökké változott négy kicsi páncélos beszél, két lábon jár és imádja a pizzát. Tanítómesterük, a tiszteletreméltóan bölcs patkány igazi nindzsa harcosokká képezi őket. A négy jóbarát egy napon rájön, hogy miben áll a varázslat, ami hatalmassá tette őket. De nincsenek egyedül! Shredder, a legnagyobb ellenségük is tudomást szerez a dologról, és arra akarja felhasználni az erőt, hogy gonosz uralma alá hajtsa az egész világot...

A természet tréfájának különös áldozatai, a négy mutáns tini nindzsa teknőc harmadszor is visszatér, hogy megmentse a világot, vagy ha arra már van jelentkező, akkor egy kis japán falut. A rendkívüli képességekkel megáldott ifjú harcosok, meglovagolva az időt, a sokat látott szamurájokat sokkolják zavarba ejtő megjelenésükkel és nindzsa tudományukkal, közben pedig mellékhatásként megszabadítják a kiválasztott falut pökhendi és kegyetlen urától. A négy harcos élete csupa izgalom és kaland, ahol ők megjelennek, ott a nevetéstől szem szárazon nem marad.