Un leone, una giraffa, una zebra e un ippopotamo decidono di scappare dallo zoo di New York per girare un po' il mondo, ai loro occhi sconosciuto, ma durante la loro fuga, un gruppo di animalisti li cattura e li spedisce nel loro habitat naturale in Madagascar. I quattro però, non abituati a vivere liberi, non si ambientano tanto facilmente...

Strani episodi criminali avvengono nella città di New York. Una giovane e coraggiosa giornalista viene salvata da quattro creature esperte in arti marziali. Si tratta di Michelangelo, Leonardo, Raffaello e Donatello, creature dotate di grande senso dell'umorismo e di un'enorme forza fisica, paladini della giustizia.

Donatello, Raffaello, Michelangelo e Leonardo, le quattro tartarughe abili nelle arti marziali e nel trangugiare pizze, vivono a New York a casa della giornalista April. Il malvagio Shredder vuole costruirsi una propria armata di mutanti utilizzando lo stesso fluido che anni prima aveva dato origine anche alle tartarughe ninja. Allo scopo sequestra uno scienziato.

Leonardo, Raffaello, Donatello e Michelangelo, le tartarughe Ninja, sono tornati indietro nel tempo. Ora si trovano in Giappone, nel diciassettesimo secolo, al posto di quattro samurai proprio mentre infuria la lotta tra la dinastia di Lord Norinaga e quella capitanata dalla giovane Mitsu.