Un pouvoir mystérieux transporte Gintoki dans un avenir où il n'existe pas. Il se retrouve là dans les rues d'une Edo en ruine. Les seuls gens étant restés sur la Terre désolée sont les pauvres, les Jouishishi qui tentent d'anéantir le gouvernement, les voyous qui profitent du relâchement de la loi, et ceux qui ont obstinément refusé de fuir alors que la fin approchait. Alors qu'il erre, Gintoki rencontre deux jeunes gens. Un jeune homme à lunettes portant un sabre de bois marqué « Lac Touya », réglant son compte à une bande de voyous, puis une jeune femme portant des habits chinois aux mêmes motifs que les siens, accompagnée d'un chien gigantesque : ce sont Shinpachi et Kagura devenus adultes. Il découvre alors petit à petit cet avenir radicalement différent ainsi que la choquante vérité.
En 1876, le capitaine Nathan Algren vit avec les souvenirs des batailles sanglantes menées contre les Sioux. Fort de son expérience au combat, il devient conseiller militaire pour le compte de l'empereur japonais soucieux d'ouvrir son pays aux traditions et au commerce occidentaux et d'éradiquer l'ancienne caste guerrière des samouraïs. Mais ceux-ci influent sur le capitaine Algren, qui se trouve bientôt pris entre deux feux, au cœur d'une confrontation entre deux époques et deux mondes avec, pour le guider, son sens de l'honneur.
1732, à l'époque de Yoshimune Tokugawa. L'ouest du Japon souffre d'une grave famine. Trois ans plus tard, il semble que le calme soit revenu dans le domaine, mais certaines rumeurs disent que Jyuzo Matsumiya, l'instructeur de combat à l'épée envoyé par le shogunat, entreprend des actions suspectes.
Au Japon, deux prisonniers en fuite, matricule KSC2-303 et un voisin de cellule, courent dans une forêt mystérieuse où ils ont donné rendez-vous à leurs complices. À leur arrivée, une voiture approche. Cinq yakusas en sortent. Les deux fugitifs sont pressés de partir, mais on leur donne l'ordre d'attendre le chef du gang. Les yakusas font descendre une jeune femme qu'ils commencent à frapper. KSC2-303 lui porte secours, s'empare d'un pistolet et abat un gangster. On le croyait mort, mais tel un zombie, il se relève et saute sur l'un de ses acolytes. Abasourdis par ce qu'ils voient, les tueurs criblent de balles le mort-vivant qui finit par s'écrouler. Profitant de la panique, KSC2-303 s'enfuit avec la demoiselle dans la forêt.