Samay, un petit garçon de 9 ans, vit avec sa famille dans un village isolé de l'Inde. Un jour, il découvre des films au cinéma. Il est instantanément hypnotisé. Contre la volonté de son père, il retourne dans la salle jour après jour et décide qu'il veut devenir cinéaste. Il remue ciel et terre à la poursuite de ses rêves en 35 mm sans se rendre compte des moments déchirants qui l'attendent…
Tandis que le tonnerre gronde et que la pluie tombe, 3 000 soldats entourent la propriété du Rikyu, le maître de thé. Le chancelier Toyotomi Hideyoshi lui ordonne de se suicider selon les règles du rituel. Alors qu'il pense à sa mort, sa femme So-on lui parle ainsi : « Il y aura toujours quelqu'un dans tes pensées. » Ces mots rappellent à Rikyu qu'il tenait un secret caché depuis de nombreuses années. À l'origine, il était devenu le maître de thé du seigneur de guerre Oda Nobunaga. Mais un concours de circonstances avait causé la jalousie d'un certain Hideyoshi, jusqu'à enlever à Rikyu ce qu'il avait de plus cher au monde. Car dans sa jeunesse, Rikyu était un beau garçon qui profitait bien de la vie. Un jour, il fit la rencontre d'une jeune femme kidnappée d'origine coréenne. Attiré par sa grande beauté, il s'était dévoué à elle, toujours prêt à la protéger et surtout à l'aimer. Mais elle fut promise à un seigneur de la guerre, vouant leur amour à l'échec.
L'ambition et son pouvoir sont au centre de Cremaster 3. L'action se déroule dans le Chrysler Building à New York, dans les années 1929-1930, au moment de sa construction. Matthew Barney superpose l'architecture du building au rite d'initiation des francs-maçons. Chez ces derniers, la progression se fait en trois grandes étapes (apprenti / compagnon / maître) et est marquée par une série d'épreuves. Seule une volonté inflexible permet d'accéder de la base au plus haut niveau et d'atteindre la perfection qui rapproche de Dieu. Cremaster 3 s'ouvre et se clôt par la légende celte de la formation des îles de la mer d'Irlande. Deux géants irlandais et un Ecossais vont s'affronter. Le plus petit d'entre eux a recours à la ruse pour l'emporter.