Filmul este o adaptare a unui roman științifico-fantastic foarte popular în țările Europei de Est („Picnic la margine de drum” de Arkadi și Boris Strugatki) și folosește procedeele specifice genului - din nou un fenomen misterios, poate de origine extraterestră, care ar materializa dorințele cele mai intime ale exploratorilor săi păcătoși - pentru a pune întrebări fundamentale despre umanitate, memorie, dorință și disperare.

Oamenii de știință din Antarctica se confruntă cu un extraterestru care își poate schimba forma după aspectul oamenilor pe care îi omoară.

Un băiețel singuratic se împrietenește cu un extraterestru simpatic pierdut pe Pământ și încearcă să-l trimită înapoi acasă, protejându-l de forțele guvernamentale.

După o întâlnire cu OZN-uri, un muncitor se simte incontestabil atras de o zonă izolată din sălbăticie unde ceva spectaculos este pe cale să se întâmple.

Bărbaţi în Negru, urmăreşte faptele eroice ale agenţilor Kay şi Jay, membri ai unei organizaţii secrete de top, înfiinţată pentru a monitoriza şi a păzii activitatea extraterestră de pe Pămant. Cei doi Bărbați în Negru se trezesc în mijlocul unui complot mortal urzit de către un terorist intergalactic care a sosit pe Pământ pentru a asasina doi ambasadori din galaxii opuse. Pentru a împiedica coliziunea lumilor, MiB trebuie să descopere teroristul și să prevină distrugerea Pământului. Este doar o altă zi obișnuită pentru Bărbații în Negru.

Pe 2 iulie, o navă extraterestră gigantică intră pe orbita Pământului și lansează câteva zeci de nave spațiale "distrugătoare" în formă de farfurii zburătoare, care atacă si distrug rapid marile orașe de pe suprafaţa planetei. Pe 3 iulie, Statele Unite conduc un contraatac coordonat care eşuează. Pe 4 iulie, este conceput un plan pentru a dobândii acces la interiorul navei-mamă de origine extraterestră aflată în spațiu, pentru a planta în ea, un focos nuclear.

Mulder și Scully, acum scoși din dosarele X ale Biroului Federal de Investigații (FBI), trebuie să găsească o modalitate de a lupta împotriva elementelor întunecate ale guvernului pentru a afla adevărul despre o conspirație care ar putea însemna colonizarea extraterestră a Pământului.

Kay și Jay se reunesc pentru a oferi cea mai bună, ultima și singura linie de apărare împotriva unei seducătoare sinistre, care ridică cea mai dură provocare la necompromisa declaraţie a obiectivelor MIB - protejarea Pământului faţă de nemernicii universului. Au trecut patru ani de când agenții căutători de extratereştrii au evitat un dezastru intergalactic de proporții epice. Acum e o cursă contra cronometru în care Jay trebuie sa-l convinga pe Kay - care nu numai ca nu mai are absolut nici o memorie a timpului petrecut cu MIB, dar este si singura persoană ramasă cu experienţa necesară pentru a salva galaxia, şi să-l reunească cu MIB înainte ca Pământul să cedeze în faţa distrugerii sale finale.