폴란드 출신의 사무원 트렐코프스키는 투신 자살한 여자가 살았던 파리의 허름한 아파트에 입주한다. 별로 친절하지 않은 이웃이 그와 자주 충돌하기 시작하자 그는 점점 편집증적인 사고에 빠져들게 되는데...

영화의 효과 음악을 녹음하는 잭 테리는 고성능 마이크를 가지고 여러가지 소리를 수집하던 중 우연히 사고가 나서 강물에 빠진 차를 발견하고 차안에서 샐리라는 여자를 구한다. 한편 차 안에는 이미 숨이 끊어진 남자가 같이 있었는데, 그는 정치권의 유명한 선거 후보자로 당선이 거의 확실시되었던 사람이었다. 이상함을 느낀 잭은 자신의 고성능 마이크에 남겨져있는 당시의 소리를 들어보고 차 사고가 나기 바로 전 총소리가 울렸다는 것을 알게 된다. 정치인이 살해된 것이 확실한 가운데 살인자는 샐리마저 살해하려들지만 잭의 방해로 실패하게 되는데.

남아공 상공에 불시착한 외계인들은 요하네스버그 인근 지역 외계인 수용구역 ‘디스트릭트 9’에 임시 수용된 채 28년 동안 인간의 통제를 받게 된다. 외계인 관리국 MNU는 외계인들로 인해 무법지대로 변해버린 ‘디스트릭트 9’을 강제 철거하기로 결정하고, 프로젝트를 추진하던 중 책임자 비커스가 외계물질에 노출되는 사고를 당한다. 유전자 변이를 일으키면서 외계인으로 변해가는 비커스. 정부는 비커스가 외계 신무기를 가동시킬 수 있는 유일한 인물이라는 것을 알고 비밀리에 그를 추적하기 시작한다. 정부의 감시시스템이 조여오는 가운데, 비커스는 외계인 수용 구역 ‘디스트릭트 9’으로 숨어드는데…

샌프란시스코에 내리는 비에 섞여 외계 식물의 씨가 떨어지고, 이 씨들이 분홍색의 예쁜 꽃을 피우는 꽃식물로 자라나 사람들의 몸을 복제하기 시작한다. 이 외계식물은 사람이 잠든 사이에 그 몸은 물론 정신과 기억까지 완전하게 복제하여, 복제 당한 사람과 똑같이 생겼으나 사실은 전혀 다른 존재인 복제인을 만들어낸다. 샌프란시스코 공중위생부에 근무하는 엘리자베스도 퇴근 길에 그 꽃 한 송이를 따들고 들어와 침실 꽃병에 꽂은 것이 화근이 되어 그날밤 그녀의 남편 제프리가 복제 당한다.

고질라 연구소의 시노다 유지와 과학잡지 기자 이치노세 유키, 그리고 시노다의 딸인 이오는 고질라가 곧 나타날 것이라고 말하며 피해를 대비한다. 그러던 어느 날, 드디어 고질라가 나타나 온갖 시설을 파괴하고 도시를 불바다로 만든다. 한편 카코시마의 바다에서 나타난 괴우주물체다 UFO로 변신하여 고질라를 공격한다. 흉칙한 모습으로 변한 UFO와 고질라는 일대 전투를 벌이게 되는데...

우주로 진출한 지구인들은 파충류 외계생물체인 드레그들과 영토 확장을 위한 치열한 전투를 계속한다. 교전중 조정사 데비는 황폐한 혹성에 불시착하게 되는데, 그 미개발지에 역시 우주선의 고장으로 남아있던 드레그와 맞부닥치게 된다. 서로 적대 관계였던 두 종족은 살아남아야 한다는 공동 목표하에 기묘한 우정을 쌓아나가게 된다. 결국 드레그는 죽게 되고 데비는 남겨진 아기 드레그를 돌보며 드레그와의 약속을 지키려한다.

아이들이 뛰어 놀고 마을 사람들이 서로를 이해하면서 평화롭게 살고 있는 조그마한 농촌 도시. 이 도시에서 메기의 남동생은 장난감총을 가지고 STAR FIGHTER 머신 게임을 즐기고 있는동네 형 옆에서 게임을 즐긴다. 메기와 동네형과는 사랑하는 연인 사이이다. 형이 메기를 기다리면서 머신 게임을 즐길때 그는 그 머쉰 게임에 경이적인 기록을 세운다. 그날밤 근 외계에서 그의 기록을보고 그를 데리러 온 우주선을 타고 외계로가서 STAR FIGHTER의 용사가 된다.

NASA의 긴급 미션을 받고 우주로 급출동하는 다섯 요원이 있었으니.. 그것은 바로 인간보다 영리한 침팬지들! 침팬지계 최고의 괴짜이자 단 한번도 져본적 없는 말빨의 달인 ‘햄3세’. 서커스 단원이었던 그는 ‘햄1세’인 할아버지가 최초의 우주 침팬지였다는 가문의 영광 덕분으로 얼떨결에 NASA의 긴급 프로젝트에 투입되지만, 정작 우주에서 놀 궁리만 한다. 이런 ‘햄’을 모시고(?) 우주선을 이끌 사령관 ‘타이탄’은 빈틈없는 완벽주의자지만 매번 ‘햄’에게 당하기 일쑤다. 홍일점인 침팬지계의 안젤리나 졸리 ‘루나’는 프로페셔널한 우주비행사. 그러나 ‘햄’의 예상치 못한 돌발 행동들로 골치가 아프다. 팀의 최고령 요원 ‘호스톤’은 손자뻘의 ‘햄’에게 멘토 같은 존재로 유일하게 그에게 힘이 되어 준다. 팀에서 누구보다 똘똘하고 영웅적인 면모를 갖추고 있는 귀여운 막내 ‘코멧’은 말썽꾸러기 ‘햄’을 비롯해 팀원들의 사기를 북돋우는 가장 어른스러운 요원이다. 정예(?)요원들로 구성된 침팬지들은 사라진 우주탐사기를 찾아오라는 NASA의 긴급명령을 수행하기 위해 우주로 떠나게 되고, 사상 최대의 미션을 수행하기 위해 분기탱천한다.

신무기로 무장한 외계 곤충들과의 전쟁은 계속되고 자니 리코는 농장 행성인 로쿠산을 책임지고 있다. 본부의 실세인 아오키 공군 원수가 방문한 날 갑작스레 로쿠산의 전력이 차단되면서 기지는 초토화된다. 탈출한 아오키 원수의 전함은 놈들의 행성에 불시착하고 모든 것이 고도화된 외계 곤충들의 함정임이 드러난다. 가까스로 살아남은 리코는 특공대를 거느리고 최후의 결전을 치른다.

머나먼 은하수 저편 사악한 장군 쉬터는 이웃 혹성의 지도자인 하시나 대통령의 우주선을 습격, 그를 포로로 잡는다. 장군은 하시나 대통령의 혹성을 자신의 식민지로 내놓지 않으면 그 혹성을 폭파해 버리겠다고 위협하며 대통령이 보는 앞에서 스위치를 누르라고 명령한다. 그 순간 우주선 안을 침입자가 잠입 하였음을 알리는 비상 경보장치가 울린다. 여러 개의 덱크가 부숴지고 마침내 거인 한명이 사령실의 문을 박차고 들어 온다. 그것은 우주 전사인 세프 람지(Shep Ramsey: 헐크 호간 분), 그는 공격해오는 쉬터의 부하들을 무찌른다. 쉬터의 부하들을 무찌른 람지의 앞에 드디어 쉬터 장군이 나선다. 공격을 받은 쉬터 장군의 손이 갑자기 변신하기 시작, 온 우주에서 가장 흉한 모습의 이상한 생명체로 바뀌고 만다. 람지는 재빨리 그 생물체의 약점을 알아내고 그가 따라올 수 없는 공기통 속으로 피신한다. 람지는 장군의 우주선의 공기 통로를 따라 플라스틱 폭탄을 장치해 놓고 나서 자신의 소형 우주선을 타고 장군의 우주선을 호출한다. 자누크는 람지의 무훈을 칭찬하면서 이제 휴가를 떠나서 좀 쉬라고 한그러자 자누크는 그에게 휴가를 떠나라고 명령한다. 그 이유는 쉬터가악당을 고용해서 람지를 죽이려고 하기 때문이다. 람지가 M3 혹성을 향하던 도중 그의 우주선에 부딛힌 운석 때문에 초공간으로 빠져 들어가 버리고 만다. 고장난 우주선을 고치기 위해 람지는 근처의 혹성인 지구를 향한다. 지구에 불시착한 람지는 당분간 이곳에 숨어 지내며 때를 보기로하고지 낼 곳을 찾아 나선다. 집을 세놓는다는 신문 광고를보고 람지는 건축가인 찰리 윌콕스(크리스토퍼 윌콕스 분)의 집을 찾아간다. 찰리는 착하기만하고 정말 운이 없는 사나이이다. 그의 사장은 그를 전혀 인정해주지 않는다. 그의 아내와 아이들은 그를사랑하지만 존경하지는 않는다.