Det er Harrys tredje år på Galtvort. Sirius Svart er ute etter den unge trollmannen, sjeleslukende desperanter kretser truende over skolen, mens en tilhenger av den avskyelige Han-du-vet lurer innenfor slottets murer. Og Harry vil bli tvunget til å konfrontere dem alle.

Foreldreløse Harry får et nytt liv når han kommer inn på trollmannsskolen Galtvort. Her oppdages snart det magiske arret i pannen hans, og det synes klart at gutten er eslet til noe stort.

Når Harrys navn trekkes fra ildbegeret, må han delta i en tøff kamp om ære mellom tre trollmannsskoler. Men siden han aldri meldte seg på turneringen selv, hvem var det da som gjorde det? Denne må Harry kjempe mot en fryktinngytende drage, olme vanndemoner og en forhekset labyrint, bare for å oppdage at han befinner seg i fyrst Voldemorts jerngrep.

Dette skoleåret ved Galtvort byr på snakkende edderkopper og brev som brøler, og Harrys urovekkende evne til å snakke med slanger skaper splid mellom ham og vennene hans. Når en blodig innskrift på veggen forkynner at "mysteriekammeret er åpnet", blir det for alvor farlig.

Filmen finner sted under depresjonen i London på 1930-tallet, 24 år etter hendelsene i den første filmen. Michael Banks jobber for samme finansinstitusjon som sin far og lever fortsatt på 17 Cherry Tree Lane med sine tre barn, Annabel, John og Georgie og deres husholderske Ellen. Jane Banks følger sin mors fotspor og jobber for arbeidernes rettigheter og gir en hjelpende hånd til Michaels familie. Når familien opplever et tap, returnerer Mary Poppins med sine magiske evner og med hjelp av Jack bringer de glede og leken tilbake til hjemmet i Cherry Tree Lane.

Gamba er en modig og eventyrlysten by mus, som beslutter seg for å dra på eventyr for å se havet med sin venn Mampuku. Underveis møter han Chuta, som har bruk for hjelp til å forsvare landsbyen sin mot et angrep fra en flok røyskatter, ledet av den onde Noroi. Gamba må derfor lære å forsvare seg selv og samarbeide for å beskytte vennene sine.