To unge marinesoldater blir tiltalt for drapet på en medsoldat under en såkalt "straffeaksjon" – en ulovlig disiplinærstraff. Offeret hadde brutt kommandokjeden og sin æreskodeks ved å sende et brev til sin eksterne base, hvor han truet med å avsløre lovbrudd på basen. Løytnant Kaffee, en ung og uerfaren advokat fra forsvarets justisavdeling, blir satt til å forsvare dem i håp om et raskt forlik og at man skal unngå skandale. Men saken stinker av korrupsjon, og Kaffee starter en grundig etterforskning sammen kapteinløytnant Joanne Galloway. En undersøkelse som langsom løfter sløret for drap, maktmisbruk og korrupsjon i elite-offiserenes rekker...

Brashear verver seg som dykker i marinen og får den lite imøtekommende Billy Sunday som offiser. Etter å ha forsøkt å knuse Brashear på alle måter må han til slutt godta mannens evner, styrke og mot.

Tora! Tora! Tora! er det japanske signalet for å angripe. En storslagen og spektakulær rekonstruksjon av angrepet på Pearl Harbor og hendelsene i forkant som førte til angrepet. Japanske imperialister planlegger og bestemmer seg for å angripe. Høyt dekorerte amerikanske offiserer tar ikke varslene alvorlig og velger å overse muligheten. Oppfangede japanske meldinger som bekrefter angrepet blir aldri rapportert videre, det sees bort fra radar-varsler, og selv når en japansk ubåt fanges inne i havneområdet tar man ikke signalene. Til slutt er ikke angrepet til å unngå. Den mørkeste dagen i amerikansk historie er et faktum.

Filmen er inspirert av de virkelige opplevelsene til Antwone Fisher og handler om en forpint marinemann som får ordre om å gå til en marinepsykolog på grunn av sitt voldsomme temperament. Han aner ikke at det første skrittet inn på legens kontor vil sende ham ut på en forbløffende følelsesmessig ferd der han må se sin vonde fortid i øynene, og få kontakt med familien sin som han aldri har kjent.