Die Stimmung auf der Arche war schon mal besser! Nach Wochen auf See wird das Essen knapp und Land ist nicht in Sicht. Eine echte Herausforderung für Dave und Kate, die Köche an Bord. Doch die beiden Freunde und ein angeschwemmter Passagier – das geschwätzige Quallenmädchen Jelly – retten sich auf ein provisorisches Floß, setzen ihr Segel und folgen der Arche, auch in der Hoffnung auf Land zu stoßen und Futter für die anderen Tiere zu finden. Plötzlich trennt ein heftiger Sturm das Trio. Während Finny unter Wasser eine ganze Nestrier-Kolonie entdeckt, die ihn rettet, werden Leah und Jelly auf eine abgelegene, wunderschöne Insel gespült. Im Wettlauf mit der Zeit, den Gezeiten und einem rülpsenden Vulkan müssen die Freunde nun wieder zueinanderfinden.
Der Film erzählt die erste Hälfte des Buches Genesis. Es beginnt mit der Schöpfungsgeschichte und der Vertreibung Adams und Evas aus dem Garten Eden. Kain erschlägt seinen Bruder Abel. Die Arche Noah bewahrt Noah vor der Sintflut. Abraham zieht nach Kanaan, wo der gläubige Mann beinahe seinen Sohn Isaak opfern muss.
Nestrier Finny, ein Vegetarier mit knallorangefarbenem Fell und einem Rüssel wie ein Elefant, und Grymp Leah, Jägerin und Fleischfresserin zwischen Wolf und Hyäne, verpassen die Arche, die gerade mit sämtlichen Tieren an Bord abgelegt hat, um vor der Sintflut zu flüchten. Während sich die Eltern an Bord über ihren Nachwuchs Sorgen machen, werden die so gegensätzlichen Jungtiere langsam Freunde in ihrem verzweifelten Bemühen, es doch noch irgendwie aufs rettende Schiff zu schaffen.
Der Film erzählt von der Schöpfung der Welt, und von Adam und Eva, die aus dem Paradies vertrieben werden, als sie Gottes Wort nicht gehorcht haben. Kain begeht aus Neid den ersten Mord der Geschichte an seinem Bruder Abel. Als Jahrhunderte später die Menschheit böse ist, beschließt Gott, die Welt in einer Sintflut zu vernichten; nur Noah überlebt in seiner Arche.
Eine gigantische Sintflut droht, alles Leben auf der Erde auszulöschen, denn Gott ist zornig! Doch er beauftragt Noah damit, eine Arche zu bauen. Auf ihr soll er das Überleben von Menschheit und Tierwelt sichern, indem er jede Spezies mit jeweils einem Männchen und einem Weibchen an Bord bringt. Während Noah mit seiner Frau Naameh, seinen Söhnen Ham und Shem sowie deren Freundin Ila an die Arbeit geht, droht Gefahr durch andere Menschen. Die wollen sie sich ihren Platz auf dem rettenden Schiff sichern, als sie von Noahs Plan erfahren. Und sie sind bereit, dafür zu töten. Deswegen setzt Noah alles daran, seinen Auftrag zu Ende zu bringen. Dazu braucht es Hoffnung – die schwindet jedoch mit steigendem Wasserpegel…
Evan Baxter der Ex-Konkurrent von Bruce Nolan, hat es endlich geschafft, sich von seinem kleinen Posten als Nachrichtensprecher hochzuarbeiten und ist jetzt Abgeordneter des Kongresses in Washington. Da platzt ihm Gott in seine Karrierepläne und erklärt ihm, dass er ihn auserwählt habe, für alle Tiere der Welt eine Arche zu bauen, da eine zweite Sintflut ins Hause stehe. Zuerst gelingt es Evan, seinen göttlichen Auftrag vor seiner Umwelt geheim zu halten, doch als ihm ein langer Bart wächst und er immer mehr Ähnlichkeit mit Noah persönlich bekommt, droht die Sache aufzufliegen..
In Qumran am Toten Meer macht Archäologe Nicholas (Tim DeKay) eine sensationelle Entdeckung. Eine alte Schriftrolle enthüllt bislang unüberlieferte biblische Geheimnisse. Demnach hat Noah zuerst eine andere Arche gebaut, auf der er ein mythisches Ungeheuer ans Ende der Welt bringen sollte. Nicholas reist gemeinsam mit seiner Exfrau, der Altertumsforscherin Ava (Renee O'Connor, "Xena"), in den Irak. Dort soll die Arche gestrandet sein. Tatsächlich finden sie mithilfe eines Trupps US-Marines das Wrack mitsamt dem Monster. Doch das Urzeitwesen erwacht…