Hirugarren film honetan protagonistaren aita (hau ere arkeologoa) bahitu egiten dute Grial Santua bilatzen ari zen bitartean. Indiana Jonesek misio bikoitza dauka beraz: aita erreskatatzea eta Grial Santua aurkitzen saiatzea.
2035ean, James Cole kondenatua gogoz kontra denboran atzera bidaltzeko boluntarioa da, lurreko ia populazio osoa desagerrarazi eta bizirik atera zirenak lurpeko komunitateetara behartu zituen birus hilgarri baten jatorria ezagutzeko. Baina Cole oker 1990era bidali beharrean 1996ra bidaltzen dutenean, atxilotu eta buruko ospitale batean giltzapetu dute. Bertan Kathryn Railly doktorea psikiatra eta Jeffrey Goines pazientea ezagutuko ditu, birusen aditu ospetsu baten semea, zeinak izan lezakeen giltzarria talde malkartsu misteriotsuaren, 12 Tximinoen Armada, gaixotasun hiltzailea askatzeko arduraduna dena.
1935. Shanghai. Indiana Jones arkeologo ausartak hiriko taberna batean liskar larriak eduki ondoren, ihes egitea lortzen du bertako abeslari batekin eta honen lagun gaztearekin. Hegaldi zoro baten ondoren, Indian bukatuko dute eta bertako herrixka bateko biztanleei laguntzea erabakiko dute.