A Black Jack movie Osamu Tezuka mangája alapján készült. Főszereplője Kuro Hazama, vagy ismertebb nevén Black Jack, egy hihetetlenül tehetséges sebész, aki nem rendelkezik orvosi képzettséggel, mégis óriási összegekért hívják világszerte olyan páciensekhez, akiket egy átlagos orvos képtelen lenne megmenteni. Black Jack titokzatos figura, visszavonultan él a házában, egy Pinoko nevű kislánnyal. A movie története az úgynevezett szuper-emberek körül forog. Az éppen zajló olimpiai játékokon érdekes módon hirtelen több új világrekord is születik: egy magasugró megdönti a rekordot, majd egy női futó megdönti a férfiak rekordját is. Később mindenfelé feltűnnek a kiemelkedő tehetségek: Festők, zenészek, sportolók, akik az emberiség addig stabilnak hitt korlátait sorra döntik le. Ezzel új korszak kezdődik: a szuper-emberek korszaka, egy új evolúciós lépcső. Legalábbis a legtöbben ezt hiszik.
Rose, egy zabolátlan dampyr (félig ember, félig vámpír testőr), akit mora barátnőjével, Lissával együtt szökés közben kapnak el és visznek vissza az eldugott St. Vladimir Akadémiára. A vámpíriskola a mora uralkodói családok és dampyr testőreik számára szolgál oktatóhelyül. Lissa egy mora (halandó vámpír) nemesi család sarja, egy hercegnő, ami miatt folyamatos életveszélyben van. Mindketten az átlagos vámpírdiákok életét próbálják élni, de Lissa különleges mágikus képességei és a mindkettőjüket megkísértő tiltott szerelem nem javít a helyzeten. Az iskola valószínűleg a legrosszabb búvóhely számukra, ezért Rose keményen edz, hogy hivatalosan is Lissa testőre lehessen. Addig is kénytelenek szembenézni a belső és külső támadásokkal, amit a kegyetlen strigák (hallhatatlan vámpírok) jelentenek, akiknek mindent megér, hogy levadásszák a mora trónörököst, Lissát.
Az ördögi kis teremtmények emberi életre pályáznak. Apró kis bábok ők, akiket alkotójuk, André Toulon speciális képességekkel ruházott föl - ám mindehhez különleges módon kioltott emberi életekre van szügségük. A viselkedésük tanulmányozását célul kitűző tudományos kutatócsoport létszáma hamarosan apadni kezd. Amikor Toulon megjelenik a helyszínen, hogy szándékát valóra váltva új alakot öltsön, megkezdődik a végső harc a maroknyi túlélő és a bábok között...
Az előző rész eseményeit követően Rick Myerst (Gordon Currie) letartóztatják Dr. Piper és Baker gyilkosságának megalapozott gyanújával, de Dr. Jennings (Ian Ogilvy), a Mesterséges Intelligencia kutatócsoport új igazgatója és Rick ideiglenes felettese leteszi érte az óvadékot. Blade-et elkobozzák, de kiszabadul a rendőrségről. Lauren kómában fekszik a kórházban. Eközben Anapa, a sötét fáraó Sutekh fia, az alvilágban úgy dönt, hogy saját kezébe veszi a dolgokat, és életerejét átülteti saját Totem bábjába, majd egy alternatív dimenzión keresztül Rick nyomába küldi. A kapzsi Dr. Jenningset érdekli Toulon titka, különösen azért, mert a projekt nem hivatalos szponzorai nagymértékben hozzájárulnak ahhoz, hogy hamarosan felmutasson valamit. Dr. Jennings visszatér a Bodega Bay Inn-hez három emberével, hogy összegyűjtse a bábokat és rájöjjön létük titkára. Gyors meggazdagodásának reményében, terve eladni őket titkos háborús fegyvernek...