Thomas A. Anderson čovjek je koji živi dva života. Po danu je običan kompjuterski programer, a po noći haker po imenu Neo. Neo je uvijek ispitivao stvarnost, no istina je daleko od onog što je zamišljao. Kada se nađe na meti policije, kontaktira ga Morpheus, legendarni haker kojeg vlada smatra teroristom. Morpheus pokaže Neu pravi svijet, pustoš u kojem je većina ljudi zarobljena od strane strojeva koji žive od ljudske tjelesne topline i energije, a njihove mozgove zarobljuju u umjetnoj stvarnosti nazvanoj „The Matrix“. Kao pobunjenik protiv strojeva, Neo se mora vratiti u Matrix i suočiti sa agentima – super-moćnim kompjutorskim programima kojima je jedina misija riješiti se ljuskih pobunjenika.
Ubojicu upuca njezin nemilosrdni poslodavac Bill i drugi članovi njihovog kruga ubojica - ali ona preživi krene i planirati svoju osvetu.
Na temelju posrednih dokaza, nedužni Londonac uhićen je zbog zločina serijskog silovatelja koji davi svoje žrtve.
Zbliživši se s Trinity, Neo je u njoj pronašao ženu svog života, ali ga muče tjeskobni snovi o djevojčinoj pogibiji. Istodobno, neuništivi agent Smith, udarna snaga Matrice kreirana za uklanjanje mogućih pogrešaka sustava, postaje sve moćniji i stječe sposobnost umnogostručivanja. Zionom, posljednjim uporištem ljudskog otpora strojevima smještenom duboko pod površinom Zemlje, vlada vijeće kancelara među kojima u Nea najviše vjeruje iskusni Hamann. Prilikom još jednog razgovora s Oracle, tijekom kojeg posumnja da je i ona dio Matrice, Neo dozna da što prije mora pronaći Ključara, čovjeka uz čiju pomoć bi mogao doprijeti do samog Arhitekta, stvoritelja Matrice. No da bi pronašao Ključara, Neo se mora susresti s podlim Merovingianom, šefom podzemlja i ljubavnikom lijepe Persephone...
Spašavajući smrtno ranjenu Trinity i boreći se protiv agenta Smitha, okretni Neo, Odabrani kojem je proročica Oracle predvidjela ključnu ulogu u oslobađanju ljudi od vlasti parazitskih strojeva, i sam je teško ranjen pao u komu. Dok on na virtualnoj postaji podzemne željeznice mora odabrati između života i smrti, u čemu bi mu mogli pomoći inženjer Rama-Kandra, otac djevojčice Sati, i zagonetni Skretničar, Morpheus, Trinity i Dječak suprotstavljaju se zlom Merovingianu. Kad se vrati među žive, Neo shvati da se mora vratiti izvoru i spoznati sama sebe, jer agent Smith svakim trenutkom postaje sve snažniji i opasniji. O ishodu njihova sukoba ovisi budućnost čovječanstva i pobjeda nad Matricom. U međuvremenu, strojevi se približavaju Zionu, a u obrani kolonije sudjeluje i odvažna Zee, supruga Neova suborca Linka. Istodobno, izdajnik Bane ubojstvom liječnice pokaže svoje pravo lice...
Kad ga prijatelj Tej (C. "Ludacris" Bridges), mehaničar skupocjenih i izuzetno brzih automobila, obavijesti da se na gradskim ulicama održava još jedna noćna utrka, Brian O´Conner (P. Walker) bez razmišljanja pristane sudjelovati. On je bivši detektiv iz Los Angelesa i ljubitelj brze vožnje koji je izbačen iz službe te se preselio u Miami gdje živi od sudjelovanja u ilegalnim automobilskim utrkama. Kad lako pobijedi i u ovoj utrci, u kojoj snage odmjeri i s atraktivnom Suki (D. Aoki) i energičnim Orange Juliusom (A. Nolasco), Brian među okupljenim gledateljima uoči privlačnu Hispanoamerikanku (E. Mendes). Kad ga policijski agenti Markham (J. Remar) i Bilkins (T. Barry) privedu na razgovor, Brian dozna da je djevojka koju je primijetio agentica Monica Fuentes, koja se uspjela ubaciti u zločinačku organizaciju Cartera Veronea (C. Hauser). Verone je narko-diler koji ilegalne automobilske utrke koristi za pranje novca, a Monica je uspjela postati njegova osoba od povjerenja.