Noor ja hakkaja poiss Luke Skywalker elab räpasel Tatooine planeedil oma onu ja tädi juures. Ta tahab minna Akadeemiasse ning saada Mässajate võitlejaks, kuid onu vajab teda viljakoristuse jaoks. Samal ajal võitlevad Mässajad eesotsas Printsess Leiaga kurja Impeeriumi vastu. Nad ründavad Impeeriumi võimsaimat relva Surmatähte - võimast komeedi moodi kosmoselaeva, mida juhivad Moff Tarkin ja Darth Vader. Kui Impeeriumi võitlejad Luke'i onu ja tädi tapavad, saab ta Leialt abipalve, kus palub koos targa miniroboti R2-D2'ga leida üles üks viimaseid elus olevaid Jedi rüütleid Obi-Wan Kenobi. Oma teel aitavad teda palgasõdur Han Solo ja tema karvane abiline Chewbacca. Püüdes printsessi ja tema liitlasi vabastada, satuvad nad koos ohtlikkesse olukordadesse, mis võivad kogu galaktika saatuse igaveseks muuta
On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?
Maale tagasiteel olev kosmoselaev saab hädaabisignaali võõralt planeedilt. Asja uurima minnes ei leita eest ühtegi jälge inimtegevusest. Planeedilt leitakse ainult suures koguses kahtlase päritoluga suuremõõtmelisi munasi. Nad toovad ühe muna pardale ning avavad selle - esmapilgul surnuna tunduv muna sisu aga ärkab ning hüppab ühele meeskonnaliikmele otse näkku, tappes tolle. Olendit vigastades sööbib tema sisikond läbi mitme kosmoselaeva teki. Põgenema pääsenud külaline aga hakkab tohutul kiirusel arenema ning meeskonnal puuduvad vähimadki vahendid tema peatamiseks ning enesekaitseks.
Aastal 2001 avastavad inimesed Kuult monoliidi – esimese märgi maavälise elu olemasolu kohta. 18 kuud hiljem saadetakse astronaudid Bowman ja Poole koos superarvuti HAL 9000-ga Jupiterile, et saada rohkem teada. Intelligentne ulmefilm, filosoofilise taustaga, mis pakub veel praegugi mitmeid erinevaid interpretatsioonivõimalusi.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.