یک دختر زیبا و جوان به نام میرابل به همراه خانواده‌اش در سرزمین جادویی و اسرارآمیزی در کوه‌های کلمبیا زندگی می‌کند. همه اعضای خانواده میرابل از قدرت‌های خاص و شگفت‌انگیزی برخوردار هستند، اما او تنها کسی است که هیچ قدرت جادویی ندارد و...
در این فیلم که روایت متفاوتی از داستان مرد عنکبوتی است، «پیتر پارکر» (اندرو گارفیلد) مدارکی را به‌دست می‌آورد که ممکن است به کمک آن‌ها بتواند دریابد که پدر و مادرش چگونه در زمان کودکی او ناپدید شده‌اند. او در همین راه با دکتر «کرت کانرز»، که شریک سابق پدرش بوده، آشنا می‌شود...