Sieben Jahre nach der gewaltigen Schlacht um Teppelin gegen den Spiral King Lordgenome sind nun vergangen und Simon wurde zum neuen Herrscher gewählt. Trotz einiger Unruhen verbleibender Gunmen, darunter auch Viral, ist endlich Frieden und Wohlstand eingekehrt. Leicht bleibt das Leben für Simon und seine Gefährten aber nicht und schon bald müssen sie sich neuen Aufgaben stellen. Ein neuer Feind, der sich selbst die "Anti-Spiral" nennt, erscheint und stellt alle bisherigen Feinde in den Schatten. Warum attackieren die Anti-Spirals die Menschen und was hat Nia damit zu tun? Ein neues Abenteuer für Simon und seine Mitstreiter beginnt, bei dem das Schicksal der Menschheit auf dem Spiel steht. Bei Gekijouban Tengen Toppa Gurren Lagann: Lagann-hen handelt es sich um eine Zusammenfassung der zweiten Hälfte von Tengen Toppa Gurren Lagann mit einigen neuen Szenen. Hierbei wird nahtlos am Vorgängerfilm Gekijouban Tengen Toppa Gurren Lagann: Gurren-hen angeknüpft und die Handlung fortgesetzt.
Odysseus‘ List mit dem hölzernen Pferd hat den Griechen endlich Sieg und Vernichtung der Stadt Troja eingebracht. Doch der Eroberer zahlt einen hohen Preis für seine Überheblichkeit den Göttern gegenüber. Deren kollektiver Fluch verdammt ihn zu einer Odyssee über die Weltmeere, wobei er viele Gefahren zu bestehen hat. Odysseus kämpft gegen einen einäugigen Zyklopen, widersteht der Zauberin Zirze und entkommt dem verführerischen Gesang der Sirenen. Bis in die Unterwelt muss er hinabsteigen, damit die Götter sich endlich seiner erbarmen und ihn in seine Heimat Ithaka zurückkehren lassen. Hier muss er sein letztes Abenteuer bestehen. Wird er seine Nebenbuhler bei einem Wettkampf im Bogenschiessen besiegen und die Liebe seiner Frau Penelope zurückgewinnen?
Im Jahr 0079 des Universal Century befindet sich die White Base wieder auf der Reise durch den Weltraum, um an einer Offensive der föderalen Truppen teilzunehmen, die dem Krieg ein Ende setzen soll. Char Aznable ist Amuro und seinen Freunden noch immer auf den Fersen. Den Helden der Serie gelingt es oft nur knapp den Fallen und Hinterhalten zu entkommen. So geraten sie von einem Abenteuer ins nächste, bis sie schließlich an zwei entscheidenden Schlachten beteiligt sind, die das Schicksal des Universums bestimmen werden. Neu am Kriegsgeschehen beteiligt sind die New Types.
Als Diego Vega von seinem Studium im Ausland in seine Heimat zurückkehrt muss er feststellen, dass die Bevölkerung unter der Diktatur der Armee leidet. Unteranderem werden die Steuern willkürlich von der Armee erhöht. Diego, der nicht gewillt ist tatenlos zusehen, verkleidet sich als Zorro, den Rächer der Armen und Schwachen. Damit ihm Niemand auf die Schliche kommt gibt sich Diego in seinem Privatleben als Taugenichts und Feigling, jedoch nicht ohne Auswirkungen: Lolita, sein Herzensmädchen, hält ihn für einen Tollpatsch und Angsthasen und schwärmt gleichzeitig für Zorro... Zusammen mit einem Jungen namens Bernard der sich als "kleiner Zorro" verkleidet und mit einem kleinen Hund kämpft Zorro Seite an Seite.
Im Jahre 0079 des Universal Century setzt die White Base ihre Reise durch das Weltall fort, verfolgt von den Elitetruppen und den Kommandos des Herzogtums Zion. Amuro und seine Freunde finden sich dabei mitten im Kriegsgeschehen wieder und sind nun direkt mit den Schrecken und der harten Wirklichkeit dieser Auseinandersetzungen konfrontiert.
Universal Century 0079. Eine der sieben Weltraumkolonien führt einen Unabhängigkeitskrieg gegen die Erdföderation. Der junge Amuro Rey, der in diesen Konflikt heineingerät, muss, unterstützt von einer handvoll Zivilisten, das Steuer eines gigantischen Kampfroboters, dem "Mobile Suit GUNDAM" übernehmen.