يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.

بعد مرور عامين على مكافحة (بيتر باركر)، يشعر بعدم السعادة وتبدأ حياته في الانهيار، بعد أن وجد (ماري) الفتاة التي يحبها مغرمة بشخص آخر، كما تبدأ الصحف في القول بأنه مجرم، فيقرر ألا يواجه الجريمة مرة أخرى، لكن يظهر (دكتور أوتو أوكتافيوس) الذي يقوم بعمل شيء شرير وخطير، فيعود بيتر لمهامه من جديد.

يحكي فيلم Out of Africa قصة حياة الكاتبة الدنماركية كارين بليكسين ، التي انتقلت في بداية القرن العشرين إلى إفريقيا لبناء حياة جديدة لنفسها. يستند الفيلم إلى رواية السيرة الذاتية التي كتبها كارين بليكسن عام 1937.

يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.