어머니가 돌아가신 바스티안(Bastian : 바렛 올리버 분)은 상상력이 풍부하고 몽상을 좋아하는 국민학생이다. 등교길에 못된 아이들에게 시달리게 되자 어느 서점에 숨게 됐는데 거기서 '끝없는 이야기(The Neverending Story)'라는 아주 이상한 책을 발견하게 된다. 바스티안은 그 책을 가지고 나와 학교 다락에서 읽기 시작한다. '환타젠'이라는 환상의 세계에 나씽이라는 괴물에 의해 점차 호수와 산들이 하루 아침에 없어지고 있었다. 이곳에 살고 있는 수 많은 종족들이 공포에 떨고 있고, 이것을 여왕 '천진한 소녀'에게 보고키 위해 요귀와 난쟁이가 길을 떠난다. 하지만 여왕은 이름 모를 병에 죽어가고 있는데, 여왕의 병을 고칠 방법을 찾기 위해 소년 아트레이유(Atreyu : 노아 해서웨이 분)가 단신으로 구세주를 찾아 기나긴 여행길에 오른다. 근심의 늪에서 애마 알텍스도 잃고, 펠콘(Falkor)이라는 행운의 용을 타고 마침내 거울문에 당도한다. 그곳에는 진실된 인간의 아이 바로 책을 읽고 있는 바스티안의 모습이 비친다. 그리고 여왕의 병을 고치기 위해서는 인간 세상의 아이가 여왕의 새로운 이름을 지어주어야 된다는 비법을 알게 된다. 아트레유는 환타젠을 구할 수 있는 인간의 아이를 데리러 가기 위해 환상의 나라의 끝으로 날아가지만 폭풍에 휘말려 펠콘에서 떨어진다. 아트레유는 동굴 속에서 나씽의 부하 괴물을 처치하지만 결국 환타젠을 구할 임무를 완수하지 못하는데...

소리 내어 읽으면 책 속의 인물을 현실 세계로 불러낼 수 있는 신비한 능력을 가진 실버통 모. 그는 9년 전, 우연히 '잉크하트' 책을 읽고, 그 속에서 어둠의 제왕 카프리콘과 불을 다스리는 마법사 더스트핑거를 현실로 불러내고 만다. 하지만 반대로 모의 아내 리사는 책 속으로 빨려들어가게 된다. '잉크하트' 를 가지고 사라진 카프리콘 군단. 모는 딸 메기와 함께 아내를 구하기 위해 '잉크하트' 를 찾던 중, 카프리콘 군단이 현실 세계를 장악하기 위해 책 속에서 절대악 섀도우를 불러내려는 음모를 알게 되는데… 이제, 세상을 지키려는 실버통 군단과 세상을 지배하려는 카프리콘 군단의 대격돌이 시작된다!

사랑스런 아내, 아들과 함께 평범한 농부로 사는 파머(제이슨 스타뎀 분)는 어느 날 세상을 지배할 야욕에 찬 마법사 갤리언(레이 리오타 분)이 보낸 크러크 군단들이 마을을 습격하자 가족을 지키기 위해 싸우지만 아들은 죽고 아내는 납치당한다. 정복전쟁에 참가한 탓에 뒤늦게 도착한 왕과 왕의 군대에 불만을 느낀 파머는 콘레드 왕(버트 레이놀즈 분)의 제안을 거절하고 자신의 힘으로 아내를 구하고자 그의 스승인 노릭(론 펄만 분)과 함께 원정대를 만들어 크러그 군단들을 추적한다. 한편 왕은 마법사 갤리언이 크러그들을 조종해서 군대를 만들고 왕의 조카인 듀크 공작을 앞세워 왕국을 차지하려는 계획을 눈치채지만 대규모 전투 중 갤리언에게 독살당하고 왕국은 위기를 맞게 되는데..