A film a Mobile Suit Gundam SEED és a Mobile Suit Gundam SEED Destiny folytatása, amely egy évvel a SEED Destiny eseményei után játszódik.

A Tövisek ura egy sci-fi-túlélődráma. A sztori legnagyobb részét az egyik főhős, a japán lány, Kasumi szemén keresztül látjuk. Kasumit úgy ismerjük meg, mint egyikét annak a csupán 160 embernek, akiket az egész világból választottak ki kísérleti alanyokként a világon végigsöprő halálos kór, a gyilkos Medúza-vírus elleni gyógymód kifejlesztésére. Kasumi nem fogadja kitörő örömmel ezt a fejleményt, mert erőszakkal vetik alá a kezelésnek és a hibernálásnak, elszakítva ikerhúgától, Shizukutól, akit a legjobban szeret...

Egy elit keresőalakulat egy Földön kívüli bányászállomásra indul, hogy megmentse Whit Carmichaelt, egy biológiai szerencsétlenség egyetlen túlélőjét 23. század, hatalmas arányú szegénység, a galaxis kolonizációja. A szegények kiszolgáltatott helyzetükben nem tudnak mást tenni, mint elvállalnak veszélyes küldetéseket a galaxis túlsó végeiben, ahova egyfajta teleportáción keresztül juttatják el őket a globális cégek. A teleportáció ötletes módon lett megoldva, ugyanis adatokra bontják le az embereket, amit végül a fénysebességnél is gyorsabban továbbítanak a célállomásokra.

Az Alien Outpost egy dokumentumfilmes stábon keresztül mutatja be a katonaság harcát a Földet megszállt idegen lényekkel.

Egy ártatlan ember belekeveredik egy halálos agykontroll kísérletbe. Lance Bishop egy átlagos biztosítási ügyintéző, akinek életét a feje tetejére állítja egy őrült fegyveres. Mielőtt a gyilkost lelövik, hátborzongató dolgot mond Lance-nek. "Bárcsak tudná, amit én tudok..." A rémálomtól gyötört Lance hangokat kezd hallani, melyek arra utasítják, hogy ölje meg feleségét, Karen-t. Rájön, hogy senkiben nem bízhat, főleg nem a rendőrségben, amely a gyilkosságok ügyében nyomoz, és végül magában sem.