On olemas kaks reaalsust: see, milles me päevast päeva elame, ja teine, mis asub selle taga. Neo otsib tõde Matrixi kohta, millest ta on kuulnud vaid arglikke sosinaid ja kuulujutte. See on midagi salapärast ja ohtlikku ning Neo on kindel, et see kontrollib kõigi inimeste elusid. Ta usub, et Morpheus, keda peetakse kõige ohtlikumaks meheks maailmas, on just see, kes suudaks anda vastuse küsimusele: mis on Matrix?
Viis New Yorgi kurikuulsat petturit ja varast reastatakse politseijaoskonnas rivvi. Peagi on neist kõik peale ühe surnud, pärast plahvatust laevas. Ellu jäi lombakas Verbalil, kellel ei jää muud üle kui rääkida politseile kõik, mis toimus peale ülesrivistust ning enne plahvatust laevas.
Hirmulugu noorest Rosemarystja tema abikaasast Guyst, kes kolivad uude korterisse New Yorgis ja tutvuvad seal oma uute naabrite. Castevetid on tore vanapaar ja Guy veedab nendega üha rohkem aega koos, samal ajal kui Rosemary hakkab nägema veidraid unenägusid ja kuuleb kummalisi hääli. Peagi jääb naine rasedaks ja üritab lämmatada endas tekkivat kahtlust, nagu oleks tema rasedus mingil hämaral moel seotud tema uue korteri ja uute naabritega.
Kaks New Yorgi võmmi saavd haisu ninna Prantsusmaalt saabuvast heroiinilastist ning asuvad jälgima potentsiaalset ostjat. Prantsuse ärimehele ja narkodiilerile, Alain Chanier`le, tekitab see suure probleemi ning mida lähemale võmmid ta isikule jõuavad, seda ohtlikumaks ta jalgealune muutub. Chanier otsustab mehed iga hinna eest tappa...
Väikese Ida-Euroopa riigi kodanik Viktor Navorski on reisil USA-sse. Reisi ajal aga algab tema kodumaal sõda ning lennujaama jõudes selgub, et selle-nimelist riiki pole enam olemas. Kuniks asjad selgeks saavad, peab Viktor viibima lennujaama territooriumil. Olukorra lahenemine ei paista aga kusagilt...
Politseinik liitub salajase organisatsiooniga, mis jälgib ja kontrollib maaväliste suhtlustegevusi Maal.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Masinad jõuavad viimaks Zeoni. Algab lahing maa saatuse üle. Samal ajal on programm Smith (Hugo Weaving) Matrixi hävingu äärele viinud. Neo (Keanu Reeves) läheb masinate linna, et seal masinatele ettepanek teha: Tema hävitab Programm Smithi, kui masinad nõustuvad inimestega rahu tegema.
Pärast Agent K (Tommy Lee Jones) pensionile jäämist ei pea agent J (Will Smith) tema tööd samaks: Mõlemad olid osa salaorganismist, mis võitleb tulnukate vastu, kes asustavad ilma ülejäänud surelikud seda teadmata maa. Mustanahaliste meeste missioon, nagu nad on tuntud oma riietuse järgi, on mõnikord korra kehtestamine ja muul ajal võitlus otse nende vastu, kellel on pretensioone planeedi Maa kahjustamiseks. Kuid agent K otsustas oma naise juurde naasmiseks ja normaalse elu elamiseks mälu kaotada. Nüüd pole naist, kuid ta on lahkelt postiagent. Agent J, kes peab K-d oma õpetajaks, igatseb teda väga ega ole päris leplik oma uute kaaslastega. Kuid midagi muudab sündmusi: ohtlik välismaalane nimega Serleena (Lara Flynn Boyle)