그놈의 빰에 아직 십자 흉터가 있는가? 켄신의 과거를 알고 있는 남자, 에니시. 한때는 가족이었던 그가 사상 최강의 적이 되어 켄신 앞에 서고, 드디어 마지막 전투의 서막이 오른다.

마침내 십자 흉터의 비밀이 밝혀진다. 혼돈의 시대, 세상에 피의 비를 뿌리던 검객 켄신과 그의 인생을 바꾼 토모에. 켄신의 모든 이야기는 여기에서 시작되고 여기에서 끝난다.

세상을 뒤흔들 반란을 계획하고 있는 절대악 시시오와 그의 부하 십본도를 저지하기 위해 교토까지 온 히무라 켄신 (사토 타케루). 한때 켄신의 자리를 이어받아 유신지사로 활동했던 시시오가 정부에 배신당하고 반란을 일으킨 것이다. 시시오 일당에 맞서던 켄신은 십본도의 세타 소지로 (카미키 류노스케)에 의해 역날검이 반토막이 나게 되고, 나라와 자신의 곁을 지키는 사람들이 절체절명의 위험에 빠지고 심지어 유일한 무기였던 역날검마저 쓸 수 없게 되면서 최대의 궁지에 몰리게 된다. 불살을 맹세했던 켄신은 부러진 역날검을 들고 최강의 절대악인 시시오와 맞서 일생일대의 마지막 결전을 앞두게 되는데..

그 흉터, 그 칼놀림.. 전설의 발도재가 돌아왔다! 10년 전 세상에 모습을 감추었지만 전설의 칼잡이로 불리는 이름 발도재. 그는 지난 날을 회개하며 불살의 맹세를 다짐하고 사람을 벨 수 없는 역날검을 들고 세상을 방랑하는 히무라 켄신으로 살고 있다. 그러던 어느 날 누군가 자신을 사칭해 세상을 위협한다는 것을 알게 되고 소중한 사람들을 지키기 위해 결투에 나서게 되는데... 불살의 맹세와 그의 손에 쥐어진 역날검. 그는 자신의 맹세와 함께 소중한 사람들을 지킬 수 있을 것인가!

신선조의 새로운 사무라이를 뽑는 선발대회장. 총장과 부장의 입회 아래 신선조 최고의 검사인 오키타 소지(다케다 신지 분)가 일일이 직접 상대하면서 선발을 하고 있다. 혼자서 여럿을 상대하다 보면 지치게 마련이지만 오키타의 실력으로는 가볍게 후보자들을 이겨내고 있다. 하지만 호각을 이룰 정도의 실력을 지닌 미소년 카노(마츠다 류헤이 분)와 결국 오키타의 검을 떨어뜨리게 만든 상당한 실력자 타시로(아사노 다다노부 분), 이렇게 두 명이 선발되었다. 새로 신선조로 선발된 카노에게는 커다란 문제가 있었으니, 그건 다름 아닌 지나치게 출중한 그의 미모였다. 웬만한 여자들보다 더 아름다운 그의 미모에 신선조 총장도 이상한 관심을 보이고, 더구나 같이 선발된 타시로는 적극적으로 좋아한다고 말하며 대쉬를 한다. 점점 신선조 내부에서는 카노에 대한 이상한 소문들이 돌기 시작하고, 절제되 있던 분위기가 점점 술렁인다. 최강을 자랑하던 신선조…그러나 대항하는 무리가 생기고, 그들을 제압하기 위해 조장과 카노가 출동하지만 적의 기습에 당하고 만다. 큰 사건이 생긴 것과 함께 내부적으로는 의문의 살인사건이 일어나고 신선조의 분위기는 점점 혼란스러워지는데… 점점 더 카노를 둘러싼 사무라이들의 시기와 질투, 그리고 어떻게든 카노로 하여금 여자를 느끼게 해주려는 부장, 모든 것이 알 수 없는 결말을 향해 질주하기 시작한다.

평범한 농부 출신 곤도, 자신의 출신을 뛰어 넘어 천하를 호령하는 무사가 되고픈 큰 꿈을 지닌 그는 자신의 벗 히티카타와 함께 그 험난한 길을 같이하길 약속한다. 3년 후, 농민 출신인 그들은 어엿한 무사가 되고 세리자와 가모, 니이미 니시키, 곤도 이사미를 국장으로 내세운 미부낭인조가 탄생하는데, 결성된 지 다섯 달 수하의 무사들도 속속 모여 불령낭인 처단에도 성과를 올리던 미부낭인조의 명성은 더욱 드높아져 갔다. 그러나 필두국장인 세리자와 가모의 횡포가 더해지면서 곤도와 세리자와 사이엔 갈등이 생겨나기 시작하는데...