1980. aastal Kuubalt Ameerika Ühendriikidesse saabunud immigrant Tony Montana loodab leida uut ja paremat elu. Mõneti see tal õnnestubki, kuid tõus kuritegelikus maailmas tuleb vägivalla, armutu julmuse ja paljude ohvritega. Tonyt tagant kihutavad kärsitus ja ahnus aitavad tal tõusta Miami narkoäri tippu. Kuid võitlus ei lõpe tippu jõudmisega - saavutatud positsiooni tuleb iga hinna eest kaitsta.
Aastal 2035 mõistis James Cole süüdimatult vabatahtlikult tagasi vabatahtlikud, kes saadeti tagasi, et avastada surmav viirus, mis hävitas peaaegu kogu maakera elanikkonna ja sundis ellujäänud maa-alustesse kogukondadesse. Kuid kui Cole saadetakse ekslikult 1996. aasta asemel 1990. aastasse, arreteeritakse ta ja ta lukustatakse vaimuhaiglasse. Seal kohtub ta psühhiaatri dr Kathryn Railly ja kuulsa viiruseeksperdi poja Jeffrey Goinesega, kellel võib olla salapärase petturirühma - 12 ahvi armee - võti, kes vastutab tapjahaiguse vallandamise eest.
Masinad palaanivad rünnata Zeoni, ainukest linna, kus on veel inimesi. Matrixisse ilmub tagasi eelmises osas hävitatud programm Smith (Hugo Weaving), mis on leidnud võimaluse ennast paljundada.
Tokyos asuva tagasihoidliku maja fassaadi näiline normaalsus peidab endas õudust. Maja valdab vägivaldne katk, mis hävitab kõigi sinna sisenevate inimeste elu.