Il film è suddiviso in due parti. La prima parte, Death, ed anche la più lunga, è un lungo montaggio di spezzoni della serie originale, atto a riassumerne i contenuti principali. Death termina la narrazione all'episodio 24, ovvero con la morte dell'ultimo angelo, Kaworu Nagisa, poiché gli episodi 25 e 26 verranno sostituiti dal film "Neon Genesis Evangelion: The end of Evangelion". Alla fine di Death vi sono anche la sigla di coda e un intervallo di cinque minuti prima dell'inizio della seconda parte Rebirth, la quale è più corta ma anche più interessante, poiché è da essa che Evangelion si avvia alla conclusione vera e propria. Rebirth è l'inizio del film "Neon Genesis Evangelion: The end of Evangelion" e sviluppa gli avvenimenti immediatamente successivi alla morte dell'ultimo angelo.

Tai è il capo dei "digiprescelti", ragazzini in grado di manovrare strane creature digitali. Con l'aiuto dei suoi compagni e del suo digimon Koromon/Agumon, Tai deve salvare il pianeta dalle incursioni di Diabormon, un digimon maligno che minaccia di distruggere la rete e che convince un computer a lanciare missili dagli Stati Uniti contro il Giappone. Alcuni "digiprescelti" si trasferiscono perciò in America per aiutare l'amico Wallace e per immunizzare da una maligna mutazione uno dei suoi digimon gemelli.