Ko se Shrek in princesa Fiona vrneta z medenih tednov, ju starši povabijo, da obiščejo kraljestvo daleč stran, da bi proslavili poroko. Za Shreka, ki ga njegov zvesti prijatelj Donkey nikoli ne zapusti, je to velika stvar. Fionini starši niso pričakovali, da bo njihov zet izgledal tako, kaj šele, da se je hči tako spremenila. Vse to moti kraljeve načrte za prihodnost kraljestva. Potem pa pridejo v oči makiveljska pravljična botra, njen arogantni sin princ očarljiv in prav posebna mačka, Puss in Boots, strokovnjak za lovca na ogrevanje.

Zgodba postavljena v leto 10191 na puščavskem planetu Arrakis. Planet je vir začimb melange, najbolj dragocenega blaga v vesolju. Dve veliki hiši se borita za nadzor. Ko izdajstvo uniči eno od njih, mora sin vojvode izpolniti svojo usodo, da bi se spet prevzel nadzor nad planetom.