Ritroviamo Alex il leone, Marty la zebra, Gloria l'ippopotamo e Melman la giraffa alla deriva nelle remote spiagge del Madagascar, pronti ad imbarcarsi sull'aereo riparato dalla squadra di terribili pinguini per tornare a Central Park. Un atterraggio di fortuna, però, ben prima di arrivare nei cieli americani, li catapulta nel bel mezzo di una pianura africana, ai piedi del Kilimangiaro. Tutto appare come la realizzazione di un sogno: Alex ritrova la famiglia, Marty il branco che ha sempre desiderato, Gloria le attenzioni del prestante Moto Moto e Melman l'opportunità di mostrare un po' di eroismo. L'Africa è dunque meglio di New York City? Di certo non è meno avventurosa.
Il mondo sottomarino viene sconvolto dall'accidentale morte di uno squalo, figlio di un potente "capomafia". Il piccolo pesce Oscar, per diventare l'eroe dell'intera Barriera Corallina, dice di essere stato lui ad uccidere lo squalo. Ma non ha tenuto conto delle conseguenze di queste sue menzogne...
Dopo l'omicidio della sorella, Nic, la sorella minore e due amiche cercano conforto in un'avventura in kayak su un'isola del Pacifico. Dopo alcune ore di viaggio, le donne sono perseguitate da uno squalo e devono unirsi, affrontare le loro paure e salvarsi a vicenda.
Un viaggio in solitaria a bordo di uno yacht prende una piega terrificante quando una donna si imbatte in tre trafficanti di droga aggrappati ai resti in frantumi di una barca. Ben presto la costringono a tuffarsi in acque infestate dagli squali per recuperare chili di cocaina dal relitto affondato.
Una nuova razza di squali feroci ed affamati distrugge la crosta ghiacciata vicino ad una stazione di ricerca dell’Artico, divorando chiunque ci finisce dentro. Quando la stazione affonda nell’oceano gelido, i sopravissuti dovranno combattere con armi improvvisate o subire lo stesso destino.
Un gigantesco squalo attacca e divora un sub che lavora sott’acqua. Sei mesi dopo a Colima, in Messico, Ben Carpenter (John Barrowman), immergendosi a caccia di aragoste, trova uno strano dente di pescecane conficcato in un cavo di fibra ottica: lo fotografa e lo mette su Internet. La dottoressa Cataline Stone del museo di storia naturale di San Diego (Jenny McShane) vede la foto del dente e raggiunge Ben a Colima. Parte poi alla ricerca della bestia – un Megalodon, ritenuto estinto – e la trova, recuperando anche un altro dente quando lo squalone addenta la barca. Ma il gigantesco predatore è ormai decisamente seccato e comincia ad attaccare di brutto fin sulla spiaggia.
Un sub trova, casualmente tra i coralli, una telecamera subacquea spezzata. La scheda di memoria è ancora integra, perciò si possono vedere le ultime ore di registrazione: si tratta di tre amici californiani, in cerca di "emozioni" nelle acque australiane infestate dai grandi squali bianchi. La loro imbarcazione è stata travolta da un'onda anomala, lasciando l'equipaggio e i turisti in balia dell'oceano e degli squali affamati.
Rick e Diane decidono di trascorrere con la propria famiglia un weekend nell’altopiano d’Ozark e far finalmente rivedere alla dolce nonna Nana i luoghi in cui ha trascorso la propria infanzia. Al loro arrivo; la città è in fase di preparazione per la festa d’estate. Nel frattempo un gruppo di abitanti del luogo inizia ad infastidire involontariamente degli squali che hanno scelto come propria dimora una profonda insenatura nell’ Ozark. La famiglia così decide di fermare le creature e salvare la città. Sarà una vacanza che nessuno dimenticherà presto!
La Discovery Petroleum ricerca gas naturale nelle paludi della Louisiana, con corollario di esplosioni per eliminare i pesci. Nel vicino Lake Barrett, compare inopinatamente uno squalo che si mangia una ragazza causando un comprensibile panico. John Sanders (Lou Diamond Phillips) noleggia la sua barca ai pescatori ed è nei guai con i pagamenti alla banca. Brett (Langley Kirkwood) è uno spericolato avventuriero sub e il gangster nero Rick (Masha Tumisho) lo incarica di recuperare un malloppo di tre milioni di dollari nascosto in un fiume della Louisiana. Lo fa però accompagnare dal cugino Ice (Coolio). Solo che nello stesso fiume è andato anche lo squalone che si pappa il nonno pescatore di un ragazzino. La dottoressa Kelli Raymond (Kristy Swanson), ex moglie di John, lavora ora per la Discovery e chiede a John – che era un mago delle estrazioni – di aiutarla nella ricerca. Le due ricerche (quella dell’azienda e quella dei gangster) convergono, ma c’è lo squalone di mezzo.
A bordo di un piccolo sottomarino, che ha preso senza autorizzazione per riuscire a prova-re le sue teorie, l'intrepida biologa Emma McNeill (Deborah Gibson) è testimone di un fat-to strano: rese pazze da un sonar a bassa frequenza lanciato da un elicottero, alcune balene prendono a capocciate una formazione di ghiaccio subacquea. Così facendo, liberano una piovra e uno squalo entrambi preistorici ed entrambi giganteschi che erano ivi congelati. La piovrona si dà subito da fare devastando una piattaforma petrolifera al largo delle coste giapponesi. Poi anche lo squalone entra in azione in un sinergico crescendo catastrofico.
In un prossimo futuro, lo scioglimento dei ghiacciai ha coperto di acqua il 98% della massa terrestre. Gli squali sono prosperati e ora, guidati da una mutazione di un squalo alfa, dominano il pianeta. I pochi umani sopravvissuti vivono nel terrore dei predatori, fino a quando un piccolo gruppo di disperati cercherà di eliminare lo squalo alfa per rendere i mari di nuovo sicuri.