ალექსი, მარტი და ზოოპარკის სხვა ცხოველები პოულობენ მადაგასკარიდან თავის დაღწევის გზას, როდესაც პინგვინები აწყობენ დანგრეულ თვითმფრინავს. არასტაბილურად გარემონტებული ხომალდი ჰაერში იმდენ ხანს რჩება, რომ აფრიკის კონტინენტზე მოხვდეს. იქ ნიუ-იორკელები პირველად ხვდებიან საკუთარი სახეობის წარმომადგენლებს. აფრიკა ველური ადგილია, მაგრამ ალექსს და კომპანიას აინტერესებთ, უკეთესია თუ არა ის, ვიდრე ცენტრალური პარკის სახლი.
ზვიგენთა მაფიოზური კლანის მეთაურის შვილის მკვლელობამ მთელი წყალქვეშა სამყარო შეძრა. მთავარი ეჭვმიტანილი, ოსკარი, დაუნდობელ შურისმაძიებელთა სასტიკი დევნის ობიექტი გახდა.