마다가스카 섬에서 좌충우돌 모험을 끝낸 뉴요커 4인방 사자 알렉스(벤 스틸러), 얼룩말 마티(크리스 락), 기린 멜먼(데이빗 쉼머), 하마 글로리아(제이다 핀켓 스미스)는 펭귄 특공대가 제작한 비행기 ‘에어 펭귄’을 타고 뉴욕으로 컴백하던 중 또 다시 미지의 세계에 불시착하게 된다. 이번에는 말로만 듣던 진짜 生 야생 ‘아프리카’! 그들은 각자 헤어졌던 가족, 새친구, 연인을 만나 生 야생에 적응해간다. 그러던 중, 평화롭던 아프리카에 가뭄이 찾아오고 뉴요커 4인방은 혼란에 빠진 아프리카를 구하기 위해 뭉치는데… 과연 함께해도 모자란 이들이 위기의 아프리카를 구할 수 있을까? 그리고 아프리카를 탈출해 무사히 집으로 돌아갈 수 있을까?
멕시코의 태평양 연안에서 특별한 휴가를 맞은 ‘리사’와 ‘케이트’. 잊을 수 없는 추억을 만들기 위해 익스트림 스포츠인 상어 체험(샤크 케이지)에 도전한다. 하지만 즐거움도 잠시, 자매가 올라 탄 케이지는 알 수 없는 사고로 순식간에 심해 47미터까지 추락하고 만다. 무시무시한 식인 상어 무리에 둘러싸인 '샤크 케이지' 속에서 산소 탱크로 버틸 수 있는 시간은 단 20분!
놈의 사냥터에 뛰어들었다! 거대 식인상어와 맞서 살아남아라! 태평양 먼 바다 한가운데, 굶주린 식인상어의 무차별 인간사냥이 시작됐다! 작은 카약 보트 위 오로지 낡은 패들 뿐!
이복형제인 '제프'와 '조시'는 제프의 여자친구 '메간'과 함께 호주로 여행을 떠난다. 그들은 익스트림 쇼 오디션에 참가하기 위해 바다 상어를 직접 체험하는 케이지 다이빙에 도전한다. 짜릿한 케이지 다이빙 중 예기치 않은 쓰나미가 밀려와 배가 난파되고 케이지는 부서진다. 밑에선 상어들이 움직이기 시작했고, 물 위에서는 살아남기 위한 사투를 벌이는데…. 모든 건 카메라에 기록되었다. 이것은 실제 상황이다!
뉴잉글랜드주에 캘빈 부샤드라는 사업가가 거대한 해양 공원을 건설한다. 이곳에는 전편의 주인공 브로디 서장의 아들인 마이크 브로디가 엔지니어로 일하고 있다. 어느날 거대한 백상어가 열린 수문 사이로 공원내부로 들어와 직원들을 잡아 먹지만 이 사실을 아는 사람이 없다. 이때 마이크는 애인이자 생물학 박사인 캐서린 모건과 함께 바다를 조사하러 갔다가 새끼 상어를 발견하고 즉시 상어를 생포하지만 곧 죽어버린다. 개장일, 공원에 몰려든 인파 사이로 어미 백상어가 출현한다. 상어와 인간 사이의 싸움이 시작되고 결국 상어를 죽인다.
알래스카의 바다에서 행해지는 항공 미사일 부대의 극비 실험.. 그 영향으로 만년빙이 붕괴되고 두 거대 생물이 고대로부터 깨어나온다. 해양학자 엠마는 그것이 150만 년 전 멸종한 가장 큰 상어 메가로돈과 거대한 문어라는 것을 밝혀낸다. 오랜 잠에서 깨어난 괴물들은 그때까지 봉인되었던 힘을 되찾고 세계 각지의 바다를 습격하기 시작한다. 다리를 무너뜨리고 비행기를 추락시키는 등 피해는 계속 늘어난다. 전 세계의 군대들이 대응하지만 구축함이 미사일 공격에도 끄떡하지 않는다. 그러던 중 엠마는 두 괴물을 동시에 쓰러뜨릴 수 있는 작전을 제안하는데...