Mladý milovník počítačových hier David Lightman sa omylom dostane do tajného počítača v Pentagóne, ktorý má úplnú a nezvratnú kontrolu nad americkým jadrovým arzenálom. Ministerstvo obrany tak chcelo eliminovať nebezpečný "ľudský element" pre prípad, keby naozaj došlo k vojne. To ale David nevie, a preto začne hrať s počítačom nevinnú hru na globálnu nukleárnu vojnu, čím nechtiac spustí odpočítavanie do začiatku tretej svetovej vojny. Až vtedy si chlapec uvedomí, že má skutočný problém. Spolu s vládnym úradníkom McKittrickom musí vyhraj súboj s časom a presvedčiť počítač, že šlo iba o hru a donútiť ho zastaviť odlet bombardérov do Ruska.
V druhom pokračovaní trilógie Matrix Neo (Keanu Reeves) spoločne s Morphom (Laurence Fishburne) a Trinity (Carrie-Anne Moss) bojujú proti počítačovým vládcom univerza. Chcú zastaviť zotročenie ľudstva a nemajú inú možnosť ako boj na život a na smrť. Sú nútení preniknúť hlboko do štruktúr Matrixu a v priebehu sedemdesiatich dvoch hodín objaviť a zlikvidovať centrum Zion i s jeho pomocnými jednotkami. A aby toho nebolo málo, Neo sa zo svojich temných nočných mor dozvie, že Trinitiným osudom je smrť. Neo sa však proti osudu už raz dokázal vzbúriť. Medzitým sa Trinity a Morpheus snažia zachrániť Kľúčiara, ktorý dokáže otvoriť každé dvere v Matrixe a je dôležitou zbraňou ľudí v boji proti strojom. I medzi robotmi prebieha súperenie o nadvládu nad virtuálnou realitou. Zároveň sa snažia objaviť posledné ľudské mesto Zion, ukryté v hlbinách Zeme. Všetky udalosti neodvratne smerujú k veľkej vojne ľudí proti strojom.
Z väzenia v Írsku ujde psychopat Ryan Gaerity. Dostane sa do USA, kde sa chce pomstiť Liamom McGinleymu, ktorý bol pred dvadsiatimi rokmi jedným z členov jeho teroristickej skupiny, ale teraz žije pod menom Jimmy Dove v Bostone a pokúša odčiniť svoju vinu prácou u policajného pyrotechnického oddielu. Práve sa rozhodol požiadať o ruku svoju milenku Kate, ktorú miluje, rovnako ako jej dcérku Lizzy, a súčasne odísť z aktívnej služby do funkcie inštruktora, keď Ryan prvýkrát udrie...