تدور القصة بعد ألف عام بعد حريق السبعة أيام كانت نهاية الحضارة البشرية وبعدها أصبح البشر يعيشون في مستوطنات منفصلة ومعزولة، لكن بحر الهلاك غابة ضخمة من النباتات والحشرات العملاقة والأبخرة السامة الذي غطى سطح الأرض بالخراب يستمر بالتقدم على سطح الأرض مهددا حياة البشر بالهلاك وقد حاول كثير من البشر إبادة بحر الهلاك إلا أنه وفي كل مرة تظهر أسراب من حشرات الأوهم الثائرة التي سادت في الأرض بسبب أعدادها الكبيرة وقدراتها تهاجم كالأمواج العاتية مدمرة كل ما أمامها دون توقف حتى تموت من الجوع عندها ظهرت الفطريات التي تعيش على جيف كائنات الأوهم والتي كست الأرض في بحر الهلاك والآن تحاول إحدى الممالك المتبقية تدمير بحر الهلاك فتقف أميرة وادي الرياح ناوسيكا في وجههم

عام 2035. بعد بلاء الفيروس الذي يدمر الأرض ويقتل الملايين من الناس ، يلجأ الناجون إلى مجتمعات تحت الأرض ، رطبة وباردة. يتطوع السجين جيمس كول للسفر إلى الماضي والحصول على عينة من الفيروس ، وبفضله سيتمكن العلماء من تطوير علاج. خلال الرحلة يلتقي بطبيبة نفسية جميلة ومريض نفسي استثنائي. سيحاول كول العثور على "جيش القرود الاثني عشر" ، وهي مجموعة متطرفة مرتبطة بالمرض.

يستشعر مجموعة من العلماء باقتراب البشرية من نهايتها، فينشأوا مدينة سكنية متكاملة تحت الأرض لإنقاذ الجنس البشري من الفناء عندما تصبح الأرض غير صالحة للحياة، ويصمموا هذه المدينة للاستخدام لمدة 200 عام يضطر بعدها البشر إلى مغادرتها والصعود إلى سطح الأرض مرة أخرى عن طريق إرشادات وضعها هؤلاء العلماء.

تدور أحداث الفيلم في سنة 2018، عندما تصبح ماكينات (سكاي نت) مهيمنة على العالم، والأمل الأخير لإنقاذ البشرية هو (جون كونر)، حيث يرافق (جون) مسجون من الماضي اسمه (ماركوس ريت)، ويحاولا وقف (سكاي نت) قبل أن تدمر ما تبقى من الإنسانية.