מרי מקינאמי מטיסה את יחידה זמנית 05 ומביסה את המלאך השלישי. אסוקה שיניקאמי ואווה-02 מביסים את המלאך השביעי. המלאך השמיני מופיע, ותוקף את מפקדת נרוו. אווה-03 נחטפת על ידי המלאך התשיעי במהלך ניסוי, ושינג'י מנסה לעצור אותה, אך מגלה שאסוקה על סיפון הספינה. גנדו מעביר את השליטה באווה-01 למצב דמי, ומתחיל להילחם באווה-03.
בשנת 2274, שרידי הציוויליזציה האנושית חיים בעיר אטומה מנותקת מהעולם החיצון. האזרחים חיים אורח חיים נהנתני, אך חייבים לעבור טקס הריגה בגיל 30. אלה שלא מקבלים את גורלם ומנסים לברוח נקראים "הרצים" ונרדפים על ידי "אנשי חול".
לאחר שמגפה קטלנית מתפשטת באוסטרליה, לאב יש 48 שעות למצוא בית בטוח לבתו התינוקת.