Elliott finner E.T., som er en vesen fra en annen planet, i en hytte på baksiden av huset der han bor. Elliott vil beholde E.T. og forstår att han må gjemme ham for andre. Så smått blir Elliott, hans søsken og noen av naboskapets barn venn med vesenet, som også liker dem. Men på tross av vennskapet lengter E.T. hjem og nå må Elliott hjelpe ham å komme i kontakt med hans hjemmeplanet. Dessuten er vitenskapsmenn og regjeringen på sporet E.T., og barna må anvende all sin oppfinnsomhet før å holde dem borte fra E.T., den utenomjordiske skapningen.
Roy Neary og andre forbausede mennesker opplever nærkontakt av første grad - de blir vitne til UFOer som svever på himmelen. Etter denne livsendrende hendelsen hjemsøkes han av et uforklarlig bilde av en steinlignende formasjon. Tjenestemenn har nær kontakt av andre grad - de oppdager fysiske bevis for utenomjordiske besøkende i form av et forsvunnet kampfly fra andre verdenskrig. Roy fortsetter å jage drømmen sin til et avsidesliggende område der han og tjenestemennene følger ledetrådene til et sted der de får nærkontakt av tredje grad - kontakt.
Det eksisterer en superhemmelig organisasjon et sted på kloden: "MIB" - deres jobb er å rapportere, undersøke, holde orden på, og, dersom det er nødvendig, eliminere utenomjordiske vesener som bor på vår egen planet (forkledd som mennesker). UFO-vitner er ofte rystet etter møter med disse superagentene, som er ganske enkelt kjent som Men in Black. To av de svartkledde agentene heter Kay og Jay, og det er disse to som finner ut at en intergalaktisk terrorist har annkommet jorden for å myrde to ambassadører fra to stridende solsystem. Kay og Jay må trå til for å forhindre at dette skjer, før det får fatale konsekvenser for Moder Jord!
Dag 1 kommer de - Dag 2 angriper de - Dag 3 er dagen vi slår tilbake. Jorden blir invadert av vesener fra verdensrommet. De ødelegger flere av jordens storbyer for å markere at dette er alvor. Trusler om ødeleggelse får menneskene til å glemme politikk og fordommer og de står sammen for å møte de fremmede.
Fra skapelsen av føderasjonen har den viktigste regelen alltid vært helt klar: Ingen Starfleet ekspedisjon får gripe inn i den naturlige utviklingen til andre samfunn. Men nå får Picard ordre som undergraver dette påbudet. Dersom han adlyder, vil 600 fredelige innbyggere på Ba'ku bli tvangsflyttet fra sin fantastiske verden, tilsynelatende for å sikre et bedre liv for millioner som vil nyte godt av Ba'kus ungdomskilde-lignende kraft. Dersom han nekter risikerer han sitt Starship, sin karriere, sitt liv. Men for Picard er det bare én utvei. Han må sloss mot Starfleet... og lede opprøret for å bevare Paradiset.
Under et rutineoppdrag oppdager Agent J (Will Smith) en djevelsk plan av det onde monsteret Serleena (Lara Flynn Boyle), som er forkledd som sexy undertøysmodell. Da Serleena tar hele MIB-bygningen som gissel, søker Agent J hjelp hos sin gamle makker, Agent K (Tommy Lee Jones), som nå arbeider på et postkontor, og har fått slettet alle minnene om sin tid som MIB. Sammen må de kjempe for å redde Jorden, galaksen og MIB fra universets skumle slyngler. Heldigvis har de med seg mye ammunisjon.