Действие фильма разворачивается после первого сезона «Приключений Дигимонов». «Избранные» дети живут обычной жизнью: учатся, знакомятся с новыми людьми, ходят к друзьям и путешествуют. Однако в один ничем не примечательный день в Интернете появляется яйцо дигимона, сплошь состоящее из ошибок. Заподозрив неладное, Косиро спешит к своему другу Таити, проясняя ситуацию. Тем временем вылупившийся дигимон начал съедать данные всей компьютерной сети, тем самым ломая многочисленные системы. Теперь «избранным» необходимо спасти не только Всемирную паутину, но и весь мир от полнейшего хаоса, принесённого этим неизвестным существом.

Эпоха Тайсё. Ещё с древних времён ходят слухи, что в лесу обитают человекоподобные демоны, которые питаются людьми и выискивают по ночам новых жертв. Тандзиро Камадо — старший сын в семье, потерявший отца и взявший на себя заботу о родных. Однажды он уходит в соседний город, чтобы продать древесный уголь. Вернувшись утром, парень обнаруживает перед собой страшную картину: вся родня зверски убита, а единственная выжившая — младшая сестра Нэдзуко, обращённая в демона, но пока не потерявшая человечность. С этого момента начинается долгое и опасное путешествие Тандзиро и Нэдзуко, в котором мальчик намерен разыскать убийцу и узнать способ исцеления сестры.

Мечта Норико Такая — стать космическим пилотом, как ее отец, который погиб, когда она была маленькой, после нападения инопланетных сил в глубоком космосе. Поступив в среднюю школу космонавтов для девочек на Окинаве, она должна убедить всех, особенно себя, в том, что она может достичь своей цели и стать опытным пилотом, несмотря на то, что она обычная девушка.

Синдзи приходит в себя после комы, в которую он впал, пытаясь спасти Рэй из поглотившего её Ангела. Мало того, что на парня надет сдерживающий ошейник, так ещё и Мисато, Аска и другие теперь сражаются на стороне организации WILLE против NERV. Оказывается, что после Третьего удара прошло уже 14 лет, но из-за так называемого проклятия «Евы» пилоты «Евангелионов» остались подростками. Хотя Мисато утверждает, что Рэй больше не существует, та прорывается на новом боевом роботе серии «Марк» и вызволяет Синдзи из воздушного линкора WILLE.

Ноно - неуклюжая официантка, мечтающая стать космическим пилотом. Однажды она знакомится с Лалком Мелком Марком, членом элитной команды пилотов-экстрасенсов "Топлесс". Но когда космические монстры появляются из ниоткуда, чтобы посеять хаос на Марсе, Лал'К вызывает свою машину—бастер под кодовым названием "Дикс-Неф", чтобы подавить угрозу. Во время битвы с Космическим монстром Лал'К получает самый большой сюрприз в своей жизни, когда она видит, что ее сверхсилу бесполезно использовать, чтобы помочь Дикс-Неф уничтожить пришельца. С этого момента No no тусуется вместе с Lal'C в надежде стать участницей Topless.

Америка, Нью-Йорк. Это именно то место, куда отправились на каникулы трое «избранных» детей — Хикари, Такэру и Мими. Когда ребята решают в очередной раз сфотографироваться, из ниоткуда появляется мистический ветер, который, пролетев полмира, заставил исчезнуть многих «избранных», и сейчас он унёс Мими. Одновременно с этим своего давно пропавшего друга-дигимона ищет таинственный паренёк. Смогут ли оставшиеся «избранные» помочь этому ребёнку? И справятся ли они с новой угрозой?

Приключения братьев Элрик, как в старые добрые времена: Альфонс заключен в доспехах и они с Эдвардом, в рядах государственных алхимиков, выполняют очередное, опасное и захватывающее задание. На сей раз в погоне за беглым преступником, Эд и Ал отправляются на запад, в город с непростой историей, под названием Милос. Беглец оказался не так уж прост. Этот парень отлично владеет навыками алхимии, не похожей на алхимию братьев. Преступник сбежал, дабы найти сестру — Джулию Крит. Братьям Элрик еще предстоит сразиться с коварным беглецом, и не только. Повсеместно их преследуют химеры-оборотни. Все ведет к загадочной девушке — Джулии, и секретной алхимии, что скрывала ее семья. Тайная алхимия неразрывно связана с мистическим городом Милос. Алхимикам Эду и Алу придется разгадать все тайны, что хранит в себе Милос, и тем самым развязать военный конфликт и спасти Джулию Крит.