תקופת אדו ההיסטורית, תקופת ההסתגרות של יפאן מפני העולם החיצוני שנמשכה כ-200 שנה, היתה, ברובה, תקופה של שלום ויציבות. תקופת אדו של הספרות, התיאטרון והקולנוע, לעומתה, היתה תקופה של פוליטיקה מלוכלכת, מעשי רצח אכזריים ושדים ורוחות אשר הסתובבו בלא מפריע ברחבי המדינה. סרטו של קוואג'ירי לוקח את הדימוי הזה של התקופה לשיאים חדשים. הסרט מספר את סיפורו של ג'וביי, לוחם נודד (שדמותו מבוססת, באופן רופף, על דמות היסטורית אמיתית), היוצא, ביחד עם נינג'ה יפהפייה, כנגד כנופיית שדים המאיימים להפיל את שלטון השוגון. אקשן בלי הפסקה, ועיצוב מרשים של דמויות השדים ונופי יפאן מהאגדות.
העלילה עוקבת אחרי זוג יתומים השולטים בעיר - פשוט כך. מעיפים כל אחד שלא נראה להם, לא משנה בן כמה הוא, מי הוא, בריון, פושע... כולם בעיר מכירים אותם ואת כוחם הלא מוסבר.
אדוארד אלריק הוא אלכימאי לאומי שחוצה את השער בין העולמות כדי להחזיר את אחיו אלפונס לחיים ומגיע לעולמנו שלנו, בעודו משאיר את אחיו מאחור. הוא משתקע בגרמניה בשנת 1923 של המאה הקודמת, 10 שנים לפני שהמפלגה הנאצית עלתה לשלטון, וחי כבתוך חלום, מנסה למצוא דרך שתחזיר אותו הביתה. הוא מתחבר לאלפונס, צעיר חולני שדומה במראה ובשם לאחיו מן העולם ההוא ומנסה לבנות טיל שיגיע לחלל, לנועה, נערה צועניה היכולה ללמוד לראות את עברם של אחרים, ולברנש מסתורי שמציג את עצמו בתור ד"ר מאבוזה. ביחד הם נסחפים אל תוך קנוניה הנרקחת על-ידי אגודה מסתורית המקורבת למפלגה הנאצית, אשר עלולה לסבך את שני העולמות במלחמה הרסנית. הסרט הקולנועי "הכובש את שאמבלה" הוא אקורד הסיום המרהיב של סדרת הטלוויזיה "אלכימאי המתכת", והוא סוגר את כל הקצוות שנותרו פתוחים בסדרה, ובאותו הזמן מציג עלילה חדשה שיכולה לרתק גם את אלה שלא צפו מעודם בסדרה.
אוטה - הזמרת האהובה ביותר בעולם. הקול שלה, איתו היא שרה תוך הסתרת זהותה האמיתית, תואר כ-"עולם אחר". היא תופיע בציבור בפעם הראשונה בהופעה חיה. כשהמקום מתמלא בכל מיני מעריצי אוטה - שודדי ים נרגשים, חיל הים צופה מקרוב וכובעי הקש בראשות לופי שפשוט באה ליהנות מההופעה הקולנית שלה - הקול שכל העולם חיכה לו עומד להדהד. הסיפור מתחיל בעובדה המזעזעת שהיא "הבת של שאנקס".