סוכן ה-איי-אם-אף, איתן האנט, מואשם בהתקפת הטרור של הקרמלין, ויחד עם שאר חברי הסוכנות, נאלצים להתמודד עם הכרזת הנשיא על ״קוד הצללים״. ללא משאבים וגיבוי ממשלתי, הסוכן איתן האנט חייב למצוא דרך לטהר את שם הסוכנות ולמנוע התקפה נוספת. על מנת לסבך את העניינים אף יותר, איתן נדרש לצאת למשימה עם צוות של סוכנים מבוקשים של ה-איי-אם-אף אשר מניעיהם האישיים לא לגמרי ברורים לו.
בן ג'ורדן, המשוחרר על תנאי, בילה את חמש עשרה השנים האחרונות מאחורי סורג ובריח על רצח אשתו ההרה. הוא נמצא במעקב על ידי קצינת השחרורים שלו לי סמואלס והעובדת הסוציאלית לורה מתיוס לאחר שחרורו. מתיוס מתחיל לבדוק את המקרה שלו ומשתכנע שהוא הורשע על פי ראיות נסיבתיות ומתחיל להשתכנע בחפותו בפשע. תוך זמן קצר היא מתחילה להתאהב בו, אבל זה רחוק מלהיות חכם, שכן גם אם הוא חף מפשע, הרוצח האמיתי של גברת ג'ורדן עשוי להגיע בקרוב.