Duas irmãs voltam para casa após passar um tempo em um internato. Elas são recebidas de braços abertos pela madrasta que logo depois se mostra uma mulher cruel. Aos poucos, acontecimentos perturbadores vão deixar os nervos à flor da pele. Todos escondem um mistério horripilante. Há outras almas presentes no ar. Almas que não estão em paz.

Passaram dois anos desde que Sam Witwicky (LaBeouf) e os Autobots conseguiram proteger a raça humana da invasão dos Decepticons. Agora Sam prepara-se para outro desafio: sair de casa para ir para o colégio. Com o planeta Cybertron inabitável, também os Autobots começam uma nova vida na Terra, num projecto secreto em que, juntamente com os militares, formam a equipa NEST, cuja missão é procurar os Decepticons que ainda se escondem no planeta. Entretanto, a vida "normal" de Sam terá de esperar: os Decepticons descobrem o que ele ainda não sabe - que ele é a chave para o destino da batalha entre o bem e o mal. Agora, juntamente com os Autobots, os soldados do NEST e de um velho inimigo agora aliado, Sam e a amiga Mikaela (Fox) têm de desvendar o segredo da presença dos Transformers na Terra, e os sacrifícios que terão de ser feitos para a proteger de uma vingança anunciada - o regresso do Decepticon The Fallen.

Após a morte trágica da sua mãe, Jeff muda-se com o seu pai para a pequena cidade de Ludlow em busca de uma vida nova. À medida que vai tentando fazer novas amizades sente-se excluído pela maioria dos colegas de escola, mas consegue tornar-se amigo de Drew Gilbert, filho da namorada do xerife local. É através do novo amigo que Jeff descobre que a curta distância da sua casa existe um lugar amaldiçoado onde os indígenas sepultavam os seus mortos, e que esconde poderes e mistérios assustadores.

Maggie Burroughs é uma psicóloga que consegue penetrar nos pensamentos de John Doe, onde Freddy Krueger o ameaça. O jovem, foragido de Springwood, a cidade onde Freddy apareceu pela primeira vez, é o último sobrevivente da região. Amnésico, ele afirma ser o filho de Freddy.