توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
نیو اورلیانز. شغل «امیل فوشون» (هنریکسن)، مردی ثروتمند و آراسته، سازمان دهی تعقیب و کشتن آدم هاست. «ناتاشا» (باتلر)، دختر یکی از قربانیان او، وارد شهر می شود تا دنبال پدرش بگردد و با ملوانی بی کار به نام «چنس بودرو» (وان دام) آشنا می شود که از او برابر تهدید اشرار دفاع می کند و سپس در راه یافتن قاتلان پدرش یاری اش می دهد...
یک ماور سابق پلیس ( جت لی ) بخاطر اینکه به پدرش که یک تبهکار چینی بوده و نیز برادر کوچکترش اجازه داده که به سان فرانسیسکو فرار کنند به زندان می رود . پس از مدتی برادرش توسط یک گروه مافیایی به رهبری دلروی لیندو کشته می شود . لی از زندان می گریزد و به آمریکا می رود تا قاتل برادرش را یافته و از او انتقام بگیرد...