داستان فیلم مربوط به دکتر روانشناسی است که با استفاده از علم روانشناسی می‌تواند محیط اطراف خود و انسان‌های آن را تحت تأثیر قرار دهد و خیلی راحت بر آنها مسلط شود. کم تر کسی می‌توانست جلوی او طاقت بیاورد وی علی رغم کارهایش فردی آزادی خواه بود و میخواست مانند بقیه انسان‌ها زندگی کند ولی پلیس مسئله را بسیار خطرناک دانسته بود و سعی می‌کرد وی را در زندان‌های امنیتی نگهداری کند . وی به خون خواری نیز معروف شده و در مواردی به کندن پوست صورت، جویدن گردن و رگ‌های قربانی نیز دست می‌زد.
توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
خانواده‌ای به عنوان سرایدار به یک هتل در محلی دور افتاده که در تعطیلی زمستانی هست، می‌روند. در آنجا نیرویی شیطانی روی مرد تأثیر گذاشته و جنون خشونت وی را می‌گیرد. در حالی که پسرش به خاطر توانایی خاصی که دارد علائمی از اتفاقات وحشتناکی که قبلاً در هتل رخ داده را می‌بیند...
کارگاه بازنشسته سانفرانسیسکویی که مبتلا به ترس از بلندی نیز است، در حال بررسی رفتار عجیب همسر دوست قدیمی خود است و در همین حال به صورت نگران کننده ای به او علاقه مند می شود.
فیلم در صحنه‌های اولیه مخاطب را به سال ۲۰۲۹ می‌برد؛ دورانی که در بحبوحه جنگ هسته‌ای، ماشین‌ها و روبات‌ها عملاً کنترل زمین را به دست گرفته‌اند و مشغول نابود کردن آخرین انسان‌های باقی‌مانده هستند. نابودگر (آرنولد شوارزنگر) که یک سایبورگ یا ربات انسان‌نما است، به سال ۱۹۸۴ فرستاده می‌شود تا زنی جوان به نام سارا کانر (لیندا همیلتون) را که مادر جان کانر ناجی بشریت در جدال با روبات‌ها خواهد بود بکشد. به دنبال او نیروهای انسان‌ها نیز …
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
در سال ۲۰۰۳، دکتر سرینا کوگان از شرکت «سایبرداین سیستمز»، به سلول مارکوس رایت می‌آید و این زندانی محکوم به مرگ (با تزریق) را متقاعد می‌کند تا بدن خود را پس از مرگ برای پژوهش پزشکی به آن شرکت بسپارد. یک سال بعد از این جریان، ربات‌های ساخت انسان که به درجه‌ای از هوشمندی و خودآگاهی رسیده‌اند، نوع بشر را به عنوان تهدیدی برای بقای خود به‌شمار می‌آورند و سامانه‌ای به نام «سامانه اسکای‌نت» را به منظور قلع و قمع انسان‌ها ایجاد می‌کنند. این سامانه موفق می‌شود در جریان رخدادی که «روز داوری» نامیده می‌شود بیشتر افراد بشر را نابود کند.