في لوس أنجلوس ، عصابة من لصوص البنوك يطلقون على أنفسهم اسم الرؤساء السابقون يرتكبون جرائمهم وهم يرتدون أقنعة ريغان وكارتر ونيكسون وجونسون. مكتب التحقيقات الفدرالي يعتقد أن أعضاء العصابة يمكن أن يكونوا متصفحي الأمواج ويرسلون العميل الصغير جوني يوتا متخفيًا على الشاطئ للاختلاط مع راكبي الأمواج وجمع المعلومات.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
يبحث الناشط الحكومي اللطيف " جيمس بوند " عن اختراع مسروق يمكنه تحويل حرارة الشمس إلى سلاح مدمر. سرعان ما يتقاطع مع فرانسيسكو سكارامانجا المهدد ، وهو رجل قاتل ماهر للغاية لديه رسوم عمل مكونة من سبعة أرقام. ينضم بوند بعد ذلك إلى ماري جودنايت التي ترتدي ملابس السباحة ، ويتعقبان معًا سكارامانجا إلى مخبأ جزيرة استوائية حيث يجذب القاتل المأجور الجاسوس اللامع إلى متاهة مميتة لمبارزة أخيرة.