في أعقاب التأثير الرابع، تقطعت بهم السبل بدون الإنجيليين، وجد شينجي وأسوكا وري ملاذًا في أحد الجيوب النادرة للبشرية التي لا تزال موجودة على كوكب الأرض المدمر. هناك، يعيش كل منهم حياة مختلفة تمامًا عن أيامهم كطيار إيفانجيليون. ومع ذلك، فإن الخطر على العالم لم ينته بعد. يلوح في الأفق تأثير جديد - تأثير سيثبت أنه النهاية الحقيقية لإيفانجيليون.
شركة Vanguard الأمنية السرية هي الأمل الأخير لبقاء محاسب بعد أن استهدفته منظمة المرتزقة الأكثر دموية في العالم.
بعد أن دمر زلزال محطتهم تحت الماء ، يجب على ستة باحثين الإبحار لمسافة ميلين على طول أعماق قاع المحيط الخطيرة وغير المعروفة للوصول إلى بر الأمان في سباق مع الزمن.
تهاجم الأرض من قبل قوى مجهولة. بينما يشاهد الناس في كل مكان سقوط مدن العالم العظيمة ، تصبح لوس أنجلوس آخر موقف للبشرية في معركة لم يتوقعها أحد. الأمر متروك لرقيب في البحرية وفصيلته الجديدة لرسم خط في الرمال وهم يهاجمون عدوًا لم يسبق لهم مثيل من قبل.