A '80-as évek végén, Oh Dae-soo-t, a teljesen átlagos családapát elrabolják saját háza elől és évekig fogva tartják egy privát cellában, ahol az egyetlen kapcsolatot a külvilággal egy televízió jelenti számára. Így szerez tudomást róla, hogy feleségét megölték és a rendőrség őt gyanúsítja. Értelmetlen és érthetetlen fogvatartása a kezdeti kétségbeesés után eltökélt belső bosszúvá érik. 15 évvel később szabadul, mindenféle magyarázat nélkül. Oh Dae-soo-t megkeresi az a személy, aki valószínűleg minden balszerencséjének okozója és azt javasolja, hogy találja meg, ki és miért tartotta fogva annyi éven át. A rémálom folytatódik Oh Dae-soo számára.
Seth Brundle (Jeff Goldblum) megszállottan dolgozik teleportáló gépén. Már csak egyetlen kísérlet van hátra, egy élőlényen is ki kell próbálnia a gépet. Saját magán kezd kísérletezni, ám a teleportálás pillanatában egy légy is bejut a gépbe. Seth a kísérlet végén még nem is sejti, hogy testének genetikai állománya összekeveredett egy légyével. Hamarosan furcsa tüneteket észlel magán: ereje és teljesítőképessége emberfelettivé válik, és teste is elképesztő változásokon megy keresztül. A férfi lassan félig légy, félig ember szörnnyé alakul.
Sean Archer FBI-ügynök élete legőrültebb akcióját hajtja végre, amikor orvosi beavatkozással arcot cserél gyűlölt ellenségével, a kómába esett Castor Troy-jal. A megszállott ügynök így próbálja kiszedni a kegyetlen terrorista öccséből, hová rejtették a várost fenyegető bombát. Csakhogy időközben az arc nélküli Troy magához tér és bosszúra éhesen Archer arcával távozik a kórházból.
Tudósok egy csoportja titkos programon dolgozik. A DNS-specialista Xavier Fitch irányításával egyedülálló kísérletet hajtanak végre, az emberi gént keresztezik egy földön kívüli DNS-sel. Az eredmény egy gyönyörű, ám annál erőszakosabb női lény. Amikor Fitch el akarja pusztítani különös teremtményét, az megszökik a laboratóriumból. Halál és pusztulás jár az elképesztő erővel rendelkező idegen kreatúra nyomában. A tudósok mellett egy jós és egy szövetségi ügynök is bekapcsolódik a lény utáni hajszába.
Reed Richards álma, hogy megfejti az ember genetikai kódját. Ehhez elfogadja riválisa, a mágnás Victor von Doom segítségét, hogy űrexpedíciót vezessen egy kozmikus vihar közepébe. Az expedíció tagja még Reed barátja, Ben Grimm asztronauta, Sue Storm, Doom kutatási igazgatója, valamint a nő öccse, Johnny Storm pilóta. Kiderül, hogy a számításokba hiba csúszott, a kozmikus sugárzás megváltoztatja a legénység DNS-ét. Az együtt elszenvedett tragédiát igyekeznek előnyükre fordítani. Egy csapatként szállnak szembe az időközben gonosz acélemberré változott Doommal.
Seth Brundle, a tudós különleges fia a genetikai hibának köszönhetõen csak részben ember. Már ötéves korában felnõttnek néz ki és gondolkodik, ám apjára ütött: az õ szervezetében is ott dolgoznak egy légy génjei. Sõt, még egy veszély leselkedik rá: bár a tudomány áldozata, most tudósok õrizetére bízzák, és azok, akiknek gondoskodniuk kellene róla, inkább a saját céljaikra szeretnék felhasználni õt.
Folytatódik a hatalomért vívott harc az emberiség és a földönkívüliek között. Megszületett Eve lánya, Sara. A genetikailag tökéletes lény végleg eldöntheti a küzdelem kimenetelét. Az újszülöttet Dr. Abbot veszi magához, és neveli föl. A gyönyörű, csábító nõ többek érdeklõdését is felkelti. A hadsereg azért próbálja megtalálni a lényt, hogy véget vethessenek a két faj háborújának, de néhány hibrid is keresi Sarát. Õk a lányban látják utolsó reményüket: ha sikerül a tökéletes génállományát tovább örökítenie, a Földön elszaporodhatnak a legyõzhetetlen idegenek és átvehetik a hatalmat.
Shao Kahn megsérti a küzdelem szent szabályait, hogy megkaparinthassa magának a Föld nevű bolygót. Csatasorba állítja rettenetese kegyetlenségükről elhíresült megsemmisítő osztagait. Ezek élén olyan kipróbált hívei állnak, mint Sindel, a valaha gyönyörű királynő, aki mára alig több, mint élő halott, Mortaro, a kentaur, valamint Ermac, a titokzatos vörös nindzsa, a telekinetikus erők nagymestere. A föld minden reménye maroknyi harcos, Rayden, Liu Kang, Kitana, Sonya Blade, Johnny Cage és Jax önfeláldozásán és hősiességén múlik. Az ő céljuk nem több, mint eljutni abba a titokzatos templomba, ahol megtanulhatják, hogyan szálljanak szembe a gonosz erőivel, hogyan legyenek képesek arra, hogy megállítsák Kahn ördögi seregeit. Kalandos útjuk, az állandó élet-halál harc során új és váratlan szövetségek kötődnek, számos korábbi titokról lebben fel a fátyol, beható tapasztalatokra tesznek szert mind a Föld nevű bolygóval, mind saját magukkal kapcsolatban.