치명적인 바이러스 시미안 플루로 인류가 거의 멸망하고 소수만이 살아남은 시대. 유인원들은 도시를 떠나 숲에서 그들의 세상을 만들었다. 도시는 폐허가 되었고, 10년간 인간과 유인원은 서로 다른 공간에 머물며 마주치지 않고 살아왔기 때문에 유인원들은 인간이 멸종한 것이 아닐까 추정하고 있다. 그 평화가 깨진 것은 도시의 비상전력이 다 소진되면서부터. 전력 공급을 위해서는 유인원이 거주하는 숲에 있는 댐을 재가동해야 한다. 우연히 두 존재가 마주치게 되자, 유인원과 인간은 평화를 지킬 것인가 무력을 써서 주도권을 가져야 하나를 두고 내부 마찰을 겪는데...

포드 브로디는 어렸을 때에 일본 내 원자력 발전소에서 방사능 피폭사고로 어머니를 잃는다. 15년 후 포드의 아버지 조는 사고의 원인이 자연재해가 아닌 다른 것이라고 믿고 계속해서 조사를 하지만 금지구역에 들어갔다가 결국 포드와 함께 붙잡히게 된다. 비밀 연구소로 옮겨진 그들은 정부가 감추고 있던 괴생명체의 고치를 보게 되고, 때마침 고치에서 부화한 무토는 그곳을 빠져나가 인간들의 도시를 파괴하며 난동을 부리기 시작한다. 한편 무토가 뿜어내는 신호를 듣고 거대한 괴수가 쓰나미를 일으키며 나타나는데...